大家好，今天给大家分享一篇发表在Nature上的文章，题目是“Genomic atlas of the human plasma proteome”。本文是在英国剑桥大学John Danesh 和 Adam S. Butterworth 教授下领导完成的。
血浆蛋白在很多非生理过程中起着重要的作用，例如信号传导、生长修复和抵御入侵，并且在许多疾病中这些蛋白会出现调节异常，会成为重要的药物靶点。找到决定这些个体蛋白间变异性的因素将会促进生物学和药学的发展。尽管目前有大量关于血浆蛋白遗传率的研究，但是针对遗传变异是如何影响血浆蛋白水平缺乏系统的研究。
作者从来自英格兰25个中心的随机招募的5万名献血者中基因组生物资源库中，建立和整合了人血浆蛋白质组的基因组图谱。通过改进的基于适配体的多元蛋白方法（SOMAsca ），在3301个健康的志愿者中找到了3622个血浆蛋白，鉴定到了1927个基因型-蛋白质关联（pQTLs ），其中1104个蛋白是反式相关位点，且82%的反式相关位点仅与小于4个蛋白相关。并且顺式和反式的pQTLs在错义突变、3‘未翻译端和剪切位点均有富集。
88%的pQTLs与疾病易感位点相关。通过基因位点可能会引起疾病风险的信息，作者采用了ProGeM 框架，分析基因型-蛋白质关联数据，进而可以找出潜在的疾病相关蛋白。作者以炎症性肠病风险等位基因为例，通过反式pQTLs ，找到与该疾病相关的三个蛋白BLIMP1, DOCK9 和FASLG。
作者还进一步通过运用孟德尔遗传随机分析，评价了潜在蛋白引起疾病的因果联系。并找到疾病过程中的起着关键作用的数个蛋白通路，IL1RL2、IL18R1 和MMP-12 。
作者认为通过对人血浆蛋白质组的基因组图谱与疾病和药物的数据交叉分析能找到潜在的药物治疗的靶标。作者发现244个pQTL 的蛋白质已经在Informa Pharmaprojects database 中已经为确定的药物靶点，其中三分之一的pQTL的药物靶向蛋白与全基因组关联疾病位点高度相关。
本文作者：TH
文章链接：https://www.nature.com/articles/s41586-018-0175-2
DOI:https://doi.org/10.1038/s41586- 018-0175-2