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GENEVESTIGATOR
常用使用场景
表达谱数据挖掘神奇GeneVestigator，帮助进行微阵列芯片和二代测序数据下游分析
主要功能
1、GeneVestigator是基因表达的搜索引擎，它集成了上万的人工精选、注释的公共芯片实验结果。基于这些公开数据结果GeneVestigator可以帮助挖掘基因在不同的生物环境中的表达水平，如疾病，药物，组织，肿瘤，细胞或基因型等条件下的表达水平，并可视化的展示。
2、可以用于研究药物和疾病相关基因的功能或机制，帮助发掘新的靶标和生物标志物。
3、可以上传自己的基因表达数据集，将其与其它线上数据集进行比较，挖掘感兴趣的基因或通路。
4、在未开展实验之前，搜索感兴趣的基因在各实验条件下的表达情况，连接基因条件和表型，允许研究者发现基因与实验条件、表型的新关联。
更多功能敬请点击GENEVESTIGATOR探索
https://genevestigator.com/
02
Proteinatlas
常用使用场景
做免疫组化常常需要寻找阳性对照，一方面是预先了解目的蛋白表达在组织和细胞的什么位置，另一方面也方便在实验做不出来时进行trouble shooting。比如我要检查某个蛋白在大鼠口腔粘膜有没有表达，就先查medline或者google scholar，发现有文章说淋巴结有表达，于是我就从动物身上取淋巴结，先在淋巴结切片上染成功了，再染口腔粘膜切片。很简单，但是有时候查文献很烦，HPA就能够帮助解决这个问题。而且有时如果不想做实验，但想在文章中有一些免疫组化的图帮助自己证明文章的某个观点，还可以直接引用ProteinAtlas中的数据和图片。
主要功能
Human Protein Atlas数据库，简称HPA数据库，包含Tissue ATLAS、CELL ATLAS、PATHOLOGY ATLAS三大模块；它致力于提供全部24,000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，并免费提供给用户查询。创立这个数据库的瑞典 Knut & Alice Wallenberg基金会使用特制的抗体，用免疫组化的技术，检查每一种蛋白质在48种人类正常组织，20种肿瘤组织，47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达。
更多功能敬请点击Proteinatlas探索
http://www.proteinatlas.org/
03
GEPIA
常用使用场景
手中有个基因，想知道其在所有肿瘤组织中的表达情况，同时还想知道其在癌和癌旁表达的对比情况，以及此基因的表达水平与患者生存预后的关系。
主要功能
1、给一个基因，告诉你在所有肿瘤组织里面的表达情况，同时还展示其在癌和癌旁的表达
给一个基因，自动做生存分析
2、给一个基因，查询其共表达基因，或者叫表达模式相近的基因
3、给一个癌症，查询所有生存关系最密切的基因
4、给两个基因，查询两个基因在特定组织的相关性
最重要的是不仅覆盖编码基因，同时也包含非编码基因
更多功能敬请点击GEPIA探索
http://gepia.cancer-pku.cn/
04
GOEAST
常用使用场景
GeneOntology富集分析是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以指示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性，进而据此判断相应的生物学意义。
工具简介
，访问网站是http://omicslab.genetics.ac.cn/GOEAST/index.php。GOEAST自发表以来一直在更新维护，并且每周与Gene Ontology网站同步GO注释数据库，保证分析结果的时效性和准确性。同时GOEAST还支持多个GO富集分析结果的比较和自定义背景数据集。
更多功能敬请点击GOEAST探索
http://omicslab.genetics.ac.cn/GOEAST/index.php
05
Venny
常用使用场景
在做各种生信分析中最郁闷头疼的就是基因ID转换和多个Gene List中找出差集和并集，Venny就是这样一款帮助你寻找差集和并集的在线工具，原理很简单，绘制维恩图，不过它会帮助你将差集和并集的的部分给罗列出来，这样就可以很方便的拿到自己想要的结果。当然，你也可以使用Venn(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/)，不同风格但功能相同的工具。
http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
06
Pathway Builder
常用使用场景
汇报/发表论文时，看到人家文章里高大上的通路图，自己也想来一个提升文章和PPT的逼格时使用。
主要功能
信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。细胞信号通路图是科研研究过程中最常见也是最常用到的，如何绘制适合我们自己科研课题的信号通路图呢？Pathway Builder就是这样一种拯救科研狗的神器，它可以帮助用户快速绘制建信号转导通路，并内置提供非常多的常用通路模板。
更多功能敬请点击Pathway Builder探索
http://www.proteinlounge.com/PathwayBuilder.aspx
07
PharmacoDB
常用使用场景
高通量药物筛选技术使得同时分析数百种肿瘤细胞和大量小分子化合物筛选发掘新的治疗方式或已有药物再开发成为可能。同时几个大型研究公开发布了其测试候选分子以及用于药物筛选的细胞系的相应表达谱数据。比如说CMAP数据、CCLE数据等，如果你想利用这些数据，那么必然会面临数据标准化以及整合分析的难题。现在PharmacoDB就可以一定程度上帮助你解决这个问题了。其包含7个数据集、涵盖41种组织、1691中细胞株、19933个基因、759种化合物。
主要功能
1、挖掘公开可用的数据集，查找已分析感兴趣的药物或细胞系的实例
2、查看和比较特定细胞系的剂量-反应数据
更多功能敬请点击PharmacoDB探索
http://pharmacodb.pmgenomics.ca/
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