PPI蛋白互作网络的构建
比如，有几十个基因或是蛋白，我想制作一个它们间的互作网络图（如上图），是不是特别难？我们这种菜鸟级别的，是不是做不了。答案是否定的，现在主流使用R语言来做，但也有很多在线网站可以完成简单这样的分析，今天就给大家介绍一款比较不错的——String数据库。
String是蛋白互作数据库，是Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins的缩写，该数据库中收录了已知和预测的蛋白质/基因间的相互作用关系，十分全面， 同时由于其中收录了预测成分，往往也造成最后的结果假阳性高。考虑到这一点，数据库设置有许多筛选标准，大家可根据自身需求选择。
下面我们以一组基因为例， 详细为大家展示一下如何利用该数据库制作PPI互作网络图。
一、首先打开String数据库（http://string.embl.de/），1 点击Multiple proteins——2 导入数据——3 选择物种——4 点击search。
二、search后，出现如下界面，这一步主要是为了让使用者核实所选基因或蛋白是否正确，然后点击continue。
三、Continue后显示如下界面：
Data Setting 和 View Setting用于参数设置，具体视个人情况而定；
Table/Exports 用于结果输出，1号标记处用于保存图片，2号标记用于保存互作关系的txt文本。
Analysis 用于功能通路富集分析，结果如下图，最后也可输出保存。
四、 最后，输出结果如下：
以上便是今天的主要内容，小伙伴们get到了吗? 如果您对呈现的网络图如果不满意，想让它更美观，想让它能区分上下调基因，想让它能体现蛋白/基因在网络中的重要性，这时可以在现有分析基础上，用Cytoscape构图软件进一步编辑。
想知道Cytoscape如何进一步编辑的小伙伴，请继续关注下一期Cytoscape的使用，哈哈哈。
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