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PPI蛋白互作网络的构建

中康博生物 2019-03-14 15:30:43

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     比如,有几十个基因或是蛋白,我想制作一个它们间的互作网络图(如上图),是不是特别难?我们这种菜鸟级别的,是不是做不了。答案是否定的,现在主流使用R语言来做,但也有很多在线网站可以完成简单这样的分析,今天就给大家介绍一款比较不错的——String数据库。


     String是蛋白互作数据库,是Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins的缩写,该数据库中收录了已知和预测的蛋白质/基因间的相互作用关系,十分全面, 同时由于其中收录了预测成分,往往也造成最后的结果假阳性高。考虑到这一点,数据库设置有许多筛选标准,大家可根据自身需求选择。


     下面我们以一组基因为例, 详细为大家展示一下如何利用该数据库制作PPI互作网络图。

一、首先打开String数据库(http://string.embl.de/),1 点击Multiple proteins——2 导入数据——3 选择物种——4 点击search。

二、search后,出现如下界面,这一步主要是为了让使用者核实所选基因或蛋白是否正确,然后点击continue。

三、Continue后显示如下界面:

       Data Setting 和 View Setting用于参数设置,具体视个人情况而定;

       Table/Exports 用于结果输出,1号标记处用于保存图片,2号标记用于保存互作关系的txt文本。

       Analysis 用于功能通路富集分析,结果如下图,最后也可输出保存。

四、 最后,输出结果如下:

      以上便是今天的主要内容,小伙伴们get到了吗? 如果您对呈现的网络图如果不满意,想让它更美观,想让它能区分上下调基因,想让它能体现蛋白/基因在网络中的重要性,这时可以在现有分析基础上,用Cytoscape构图软件进一步编辑。


    想知道Cytoscape如何进一步编辑的小伙伴,请继续关注下一期Cytoscape的使用,哈哈哈。




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