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【福利】蛋白质序列结构功能分析新数据库大礼包

生物极客 2019-04-18 02:42:53

在最新一期的Nucleic Acids Research杂志数据库特刊中,多个著名的数据库都进行了新的更新,并展示了他们最新的功能,蛋白质尤其是一些未知功能的蛋白质,如果进行有效的结构域分析,序列分析等,则对基因功能的挖掘会有特别显著的提高。

在这一期的NAR中,包括著名的Eugene等都展现了新的工作:

新更新的CATH/Gene3D数据库,收纳了超过300000个结构域的结构,超过5千万的结构域被分类成2737个同源超家族。不仅如此,每日更新的CATH-B数据库自动处理更新的蛋白结构域信息。

福利2:

全面的细胞内生化反应数据库:Rhea

搜索结果实例:

Rhea(http://www.ebi.ac.uk/rhea)是一个专门辅助的生化反应的全面广泛的资源。Rhea提供了一系列广泛使用的非冗余化学变化的应用程序,包括重建代谢循环和推理路径。Rhea包括酶的催化反应 (包含分子生物学的酶命名列表),运输反应和自发发生反应。使用化学形式来描述瑞亚反应是来自于生物学兴趣的本质与来源(ChEBI),化学质量平衡和电荷平衡。他们现在广泛手动策划与文献资源相关联和其他公共资源对新陈代谢包括酶和反应途径数据库。这样相互对照有助绘图以及常见的反应和化合物之间调和的特殊资源,这种常见的第一个步骤是变化的基因组数量和模型的重建

评论:

Rhea是一个开放性的数据库,拥有广泛的资源,可以提供一系列(如代谢途径,酶以及反应途径等)化学变化的应用程序。点击(http://www.ebi.ac.uk/rhea)进入首页,就可以看到高级搜索,网络服务,文件下载中心等等,通过点击网址(http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme),输入EC号,就会知道由IUBMB认定的一些描述生化反应以及途径。该软件拥有的应用程序可以让我们直观看到该EC号的分子式以及反应途径中变化。

福利3:

ECOD数据库

ECOD数据库是根据进化信息进行的蛋白结构域分类数据库