FFPE样本是指利用甲醛固定-石蜡包埋（formalin-fixed paraffin-embedded, FFPE）法处理的组织样本的总称，是现在临床上组织保存的金标准技术。
FFPE样本中蛋白的甲醛交联机制
FFPE样本被称为巨大的数据库和无价的宝藏，其具有如下特点：
1）保存时间久，可达数十年；
2）保存、维护成本低，室温保存，甲醛易得；
3）很好的保存组织的形态结构；
4）样本数量相对庞大，样本时间跨度长；
目前，世界上至少有数百万份组织样本都是使用FFPE方法处理的，这些组织样本已经成为用于疾病诊断和科学研究的最为常见的生物学资源之一。
基于质谱（Mass spectrometry）分析的蛋白质组学研究现已成为系统生物学和生物医学领域最具发展潜力的方向。随着先进液相（liquid chromatography）系统和质谱设备的出现，液质（LC-MS）联用系统已经可以实现对上千种蛋白的定性和定量分析，这对临床医学研究尤其是肿瘤标志物的发现和鉴定具有重要的意义。
✔ 2015年印第安纳大学医学院的Xianyin Lai博士利用质谱方法对比不同阶段的软骨瘤FFPE组织，得到了17个候选生物靶标蛋白，通过生物信息学分析最终确定了一个新的肿瘤生物靶标-骨膜蛋白。
✔ 2016年日本医科大学的Zenya Naito博士利用蛋白质组学的手段从FFPE样本中确定了结直肠癌的一个潜在的诊断靶标-醛缩酶A。
✔ 2017年Marie‑Alice Meuwis等人利用蛋白质组学和免疫组织化学方法在早期的结直肠癌患者的FFPE组织中确定了OLFM4, KNG1 and Sec24C三个潜在的肿瘤生物靶标。
基于蛋白质组学的FFPE样本肿瘤标志物的筛选策略
FFPE样本的蛋白抽提、定性定量分析结果已基本达到了常规样本（如新鲜冷冻组织）的水平，说明FFPE样本完全可以作为疾病诊断和肿瘤标志物筛选的生物学载体。
基于蛋白质组学研究的肝脏冷冻和FFPE样本的对比。
A：蛋白收率； B: 肽段收率； C: 抽提蛋白的SDS-PAGE; D: 鉴定蛋白的覆盖度；E：鉴定蛋白的氨基酸频率分布；F：鉴定蛋白的亚细胞定位
基于蛋白质组学的FFPE样本分析处理流程
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