在对乳猪料中蛋白质原料的在对乳猪料中蛋白质原料的选择过程中，消化率是蛋白原料选择的第一标准，其次是良好的氨基酸比例和含量，其中重点考虑的氨基酸有赖氨酸、含硫氨基酸、苏氨酸、色氨酸和组氨酸。因此在选择蛋白原料时，最好选择上述氨基酸含量较高且配比合理的原料。
同时由于乳猪采食量的限制，所以要尽量寻找高营养素含量的蛋白质原料，以节约空间。在采食量有限的前提下，尽可能地为乳猪提供营养浓度含量高且消化性好的日粮，从而保证其在仔猪阶段尽可能获得理想的日增重，为全程效益打下基础。
大豆类制品。大豆类制品是目前最丰富的蛋白质来源，然而因其加工工艺不同，乳仔猪饲料中豆制品蛋白的可选择性较多：
①膨化大豆，不仅是豆油来源，也是优质的豆类蛋白的来源，但膨化大豆用量不可过多，一般不宜超过15%。目前膨化大豆没有标准，个人认为脲酶低于0.05，可消化蛋白高于60%就可以用了;
②豆粕，是植物蛋白，其消化率往往达不到乳猪要求，同时还含有一定的抗营养因子，但它是乳猪料的常用、也是合适的蛋白来源;
③大豆分离蛋白，虽然其蛋白质含量较高，由于使用低温豆粕制造，因此也可能存在一定量的抗营养因子，所以在加工过程可以经过酶降解的方式;但是，由于有些产品经酶降解后，会产生苦肽而影响适口性，因此在选择时，一方面要可溶性较好，另一方面还要保证较好的适口性。从目前应用效果来看是很好的，就是价格偏高;
④大豆浓缩蛋白，豆粕经过热酒精浸溶，去掉了其中部分多糖类，相当于把蛋白质浓缩，因而它的价值高于普通豆粕，但是其消化率还是有限的;
⑤发酵豆粕，豆粕经过发酵，消化率大大提高，蛋白质含量也有所提高，抗营养因子遭到破坏。因此发酵豆粕有可能是未来乳仔猪饲料的首选原料，不过因为不同的厂家发酵菌种和工艺不同，对乳仔猪料的价值差异很大,使用时也要谨慎。目前发酵豆粕在乳猪料中用量不可过多，否则会有负面作用。
乳源蛋白。一般作为饲料蛋白来源的主要是高蛋白含量的乳清粉和乳清浓缩蛋白WPC-34，它的消化率和氨基酸组成仅次于血浆蛋白粉。如果单纯以蛋白质含量计算，其价格不低于血浆蛋白粉。现在多用作人类食用，供应量又相对有限，所以无法在饲料中大量应用。
血浆蛋白粉。血浆蛋白粉在可消化吸收率、氨基酸组成以及降解产生小肽的速度方面都具有优势，是优质的乳猪蛋白质原料。尤其对于同源血浆蛋白粉，由于其本身就含有丰富的小肽，而且在氨基酸组成上与猪的接近，所以效果更好。但由于同源性疾病存在的可能性，对该类原料的使用要小心谨慎。另外其价格昂贵，供应不稳定也限制了使用正常化。若需使用时，用量要用到3%才有显着效果，最好选用美国进口的。
肠绒蛋白(DPS)。DPS也是乳猪蛋白质的优质来源，与血浆蛋白粉合用效果很好。DPS不仅提供优质蛋白，还可以防止断奶应激伤害乳猪肠道粘膜。同样，出于同源性疾病的考虑，使用也要小心。目前只有美国进口的可以用，其价格也偏高，另外，渠道、供应量仍受限制。
鱼粉。鱼粉应是大家最熟悉的优质蛋白原料了，使用时一定要测新鲜度，鉴别掺假的程度及理化指标的检测。由于鱼粉品质实在难以控制,建议不要多用，最好控制在2%以下。
小肽类制品。目前有许多小肽类制品应用在乳猪饲料中，也是近来饲料营养研究领域中最热门的东西。这类产品应属于功能性蛋白原料。当然到成熟、稳定使用还有一段时间，应是未来很有光明前景的优质蛋白源。
其余蛋白质来源。例如肉骨粉、棉籽粕、菜籽粕、DDGS等仍处于研究中，用量要严格限制。
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