【工具分享】蛋白网络互作分析神器-STRING
2023-05-10 14:56:27
STRING（http://www.string-db.org/）是一个搜索已知蛋白之间和预测蛋白质之间相互作用系统。包括蛋白质直接物理的相互作用，也包括蛋白质之间间接功能相关性。数据包括：实验数据、从pubMed摘要中挖掘结果和综合其他数据外，还有利用生物信息学方法预测有结果。用一个打分对不同方法得来结果给予一定权重，得到综合得分。
主页：点击“SEARCH”进行分析
跳转到如下界面：
1.用蛋白名称来搜索：
2.单一蛋白序列搜索
3.多蛋白名称搜索/多蛋白序列搜索：
a.可以提供蛋白列表直接复制到list of names
b.可以按Browse按钮来进行添加本地文件。
4.string结果
1、 分析多个蛋白蛋白互作网络，输入蛋白名称列表，选择物种“Homo sapiens”进行“SEARCH”
2、 结果
图注：上图一个圆代表一个蛋白，线表示两个蛋白之间的距离，线的颜色表示相互作用数据的来源：蓝色表示来源于在线数据库，紫红色表示来源于近期实验结果，黑色代表两个蛋白共表达等；若一个蛋白与多个蛋白相连，说明该蛋白与多个蛋白相互作用，则该蛋白越有可能为关键蛋白。
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