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【工具分享】蛋白网络互作分析神器-STRING

乌鲁木齐欧易生物 2020-03-25 13:34:03

STRING

STRING(http://www.string-db.org/)是一个搜索已知蛋白之间和预测蛋白质之间相互作用系统。包括蛋白质直接物理的相互作用,也包括蛋白质之间间接功能相关性。数据包括:实验数据、从pubMed摘要中挖掘结果和综合其他数据外,还有利用生物信息学方法预测有结果。用一个打分对不同方法得来结果给予一定权重,得到综合得分。

主页

主页:点击“SEARCH”进行分析

跳转到如下界面:

1.用蛋白名称来搜索:

2.单一蛋白序列搜索

3.多蛋白名称搜索/多蛋白序列搜索:

a.可以提供蛋白列表直接复制到list of names

b.可以按Browse按钮来进行添加本地文件。

4.string结果

示例

1、  分析多个蛋白蛋白互作网络,输入蛋白名称列表,选择物种“Homo sapiens”进行“SEARCH”

2、  结果

图注:上图一个圆代表一个蛋白,线表示两个蛋白之间的距离,线的颜色表示相互作用数据的来源:蓝色表示来源于在线数据库,紫红色表示来源于近期实验结果,黑色代表两个蛋白共表达等;若一个蛋白与多个蛋白相连,说明该蛋白与多个蛋白相互作用,则该蛋白越有可能为关键蛋白