蛋白组,转录组,关联分析三箭齐发,低至5000元/样本

        蛋白质组是生物体最终的功能执行体，而转录组是连接基因组和蛋白质组的中间模版。生物体往往通过基因的转录调控基因表达，同时也通过翻译调控以及翻译后的调控进一步对蛋白质的表达进行调节。当前研究表明转录组和蛋白质组的相关系数往往只有0.4左右，表明其间的翻译和翻译后调控对蛋白质的表达具有非常重要的作用。

      因此，当前的研究越来越倾向于同时检测转录组和蛋白质组的表达水平，这种研究能充分利用转录组和蛋白质组研究的差异性和互补性，对基因的表达水平进行全方位得衡量，以获得基因表达各个步骤的调控的全景图，发掘常规单个组学未能发现的新结果

甘蓝转录组和蛋白质组联合分析揭示单基因隐性遗传雄性不育突变体调控机制

Complementary transcriptome and proteome profiling in cabbage buds of a recessive male sterile mutant provides new insights into male reproductive development.  Journal of Proteomics  2018,1874-3919   IF=3.914

（蛋白组学实验和关联分析均由北京青莲百奥生物科技有限公司完成）

甘蓝含有丰富的营养物质，具有杂种优势，雄性不育作为一种经济有效的授粉控制体系，在杂交甘蓝种子生产中发挥着重要作用。单隐性遗传基因控制的雄性不育突变体83121A，在Bo-CYP704B1基因的第一个外显子中含有长末端重复- 反转录转座子（LTR-RT）的插入，其涉及孢粉素的产生，孢粉素是花药外壁的主要组分。虽然已经表明LTR-RT插入可能完全破坏了BoCYP704B1的生物学功能，但83121A有性生殖过程中的基因调控机制仍不清楚。

为了进一步探索83121A雄性不育的调控机制，通过转录组和蛋白质组的联合分析找与雄性不育有关的关键生物学过程，并且扩展我们对甘蓝雄性生殖发育中代谢网络调控的理解。

材料：雄性不育系甘蓝83121A、雄性可育系83121B在开花期，双细胞花粉阶段之前的芽

1、2组样本（3次重复，每组样品采集10株）提取总RNA——进行转录组测序分析

2、2组样本（3次重复，每组样品采集10株）提取总蛋白——酶解——质谱进行蛋白组测序（label free）

3、转录组和蛋白组联合分析

为了探索83121A雄性不育的分子机理，收集83121A和其同基因保持系 83121B的双细胞花粉阶段之前的芽用于转录组学和蛋白质组分析。总共在转录组和蛋白质组水平上分别鉴定到具有显着差异基因2881和蛋白1245种。在功能注释，也对转录组和蛋白质组相关性进行了分析，另外蛋白质相互作用网络表明83121A中的雄性不育涉及复杂的调节模式。在83121A中发现几个关键的生物过程，如脂肪酸代谢，tapetosome生物合成，氨基酸代谢和蛋白质合成和降解与雄性不育密切相关。总体而言，转录组和蛋白质组的联合分析提供了关于83121A雄性不育芽生理状态的完整视图，这加深了我们对涉及雄性生殖发育的代谢网络的理解。