毫无疑问,互作数据作图工具,基本上所有人都是用cytoscpae吧,不过也有可能是我个人比较钟情,独爱这一款软件而已。
对于cytoscape软件来说,无不管你要做蛋白-蛋白互作网络,miRNA-mRNA network,还是共表达网络图以及WGCNA网络图,都是不在话下的,一点都不care
同时该软件不需要注册、不需要付费、下载简单,实在是科研小伙伴的福音。
下面教一下大家怎么使用:
登录软件官网地址:www.cytoscape.org
根据自己电脑系统选择合适的版本(不懂的自己百度)
数据导入时,一般选择默认参数,若有特殊要求还
应通过Advanced Options来调整参数。
当你的protein一点关系都没有的时候
那就没有互作图
所以
在导入数据之前,最好你要了解你的数据
是否存在至少两列有着互作关系
导入数据后cytoscpae会自动产生一种互作网络图
(auto参数)
当然,这种asthetic sense是不够的
那么,我们自己可以
通过工具栏中的Layout来设置网络图的布局
也可以
选择某个点或者框选N个点一起拖动位置
到自己满意为止
接着通过软件Style设置些细节
包括
Node设置点的性状、颜色、大小以及字体颜色
Edge设置线条颜色、粗细以及样式
最后关键一步
导出Node的degree参数(Tools -> NetworkAnlyzer -> Network Anlysis)
当然如果导入数据中还有Edge的weight值,
则可以根据weight值改变Edge线条的粗细,
以展示Node与Node之间连接度的大小。
degree的区间润色( creat Legend ->Export)
这个时候基本完成,
剩下的就是PS的事情了
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END
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