cytoscpae蛋白互作视频免费送

2023-05-10 14:56:27

 

   毫无疑问,互作数据作图工具,基本上所有人都是用cytoscpae吧,不过也有可能是我个人比较钟情,独爱这一款软件而已。


  对于cytoscape软件来说,无不管你要做蛋白-蛋白互作网络,miRNA-mRNA network,还是共表达网络图以及WGCNA网络图,都是不在话下的,一点都不care


同时该软件不需要注册、不需要付费、下载简单,实在是科研小伙伴的福音。


下面教一下大家怎么使用:

 第一步:软件下载

登录软件官网地址:www.cytoscape.org

根据自己电脑系统选择合适的版本(不懂的自己百度)

第二步:导入数据

数据导入时,一般选择默认参数,若有特殊要求还

应通过Advanced Options来调整参数。

当你的protein一点关系都没有的时候

那就没有互作图

所以

在导入数据之前,最好你要了解你的数据

是否存在至少两列有着互作关系

第三步:修改图片

导入数据后cytoscpae会自动产生一种互作网络图

(auto参数)

当然,这种asthetic sense是不够的

那么,我们自己可以

通过工具栏中的Layout来设置网络图的布局

也可以

选择某个点或者框选N个点一起拖动位置

到自己满意为止

接着通过软件Style设置些细节

包括

Node设置点的性状、颜色、大小以及字体颜色

Edge设置线条颜色、粗细以及样式

最后关键一步

导出Node的degree参数(Tools -> NetworkAnlyzer -> Network Anlysis

当然如果导入数据中还有Edge的weight值,

则可以根据weight值改变Edge线条的粗细,

以展示Node与Node之间连接度的大小。

 第四步:润色

degree的区间润色( creat Legend ->Export

这个时候基本完成,

剩下的就是PS的事情了

福利:视频教学

分享一个网上流传的小视频,想要的同学看下面的领取方式

视频领取方式

找资料辛苦

文末广告点击一波再走,施主

微信扫描上方二维码

在会话界面回复↓↓关键字

cytoscpae蛋白互作

完全免费

建议将文字复制后粘贴使用

END


   生物实验帮,一个拥有各种视频课程的平台,你能想到的我们都有!科研实验操作视频教学 I 生物信息学课程 I SCI论文课程 I 临床医学课程 I 托福全套课程雅思全套课程 I 四六级课程。管理员QQ:1661557038,2189006560。

施主,点击一波↓↓↓广告再走吧

友情链接

Copyright © 2023 All Rights Reserved 版权所有 福建水产设备联盟