乡镇小型污水处理设施由于在污水收集完善、管理经验不足、运行经验不足、运营资金不足等原因导致设施运行效率低，难以经营，污泥处理不规范等等原因污水处理设施未能投入正常运行，不仅是使大量生活污水未经处理再次直排，而且也浪费了国家投资，污水处理设施成了“晒太阳”工程。
一、污水收集方面
我国农村生活污水具有面广分散、来源多、增长快、污水成分复杂、水质及水量变化大的特征。农村常驻人口相对少，用水量标准较低，人均污水量小，水量变化大，而且存在明显的时段性，主要集中三餐时间，在其余时间几乎为零。农村生活污水包括洗涤、沐浴、厨房炊事、粪便及其冲洗等排水，通过对颇具代表性的一些污水处理设施的采样分析发现，乡镇污水系低碳源高氮磷污水水质，可生化性较低，处理达标难度大。排水体制缺乏或没有，建成管网接不到位，部分管网还存在渗漏的问题，水量明显偏低，很多低于设计水量50%，收集系统多为雨污合流，受雨季影响及用水量时变化系数较大。因此运行时出水不一定能达标。
二、设计及工艺方面
虽然农村污水处理设施的建设都是通过专业的设计单位进行设计，但目前国家还没有出台针对农村地区污水处理工程的设计和施工相关规范，工程设计和施工往往只能参照其它相关规范进行。同时，因农村污水处理设施单个项目投资额小，设计收费较低等原因的影响，设计单位在方案中对一些须具体明确化的设计内容往往加以淡化或模糊化，这使得设计单位的设计文件内容深度不足，、工程施工、工程审计等留有较大的疏漏隐患。
三、施工方面
部分镇乡、街道对农村生活污水治理工作的重视不够，为了完成考核指标，只求数量、不求质量。在施工的进行，设备、材料的采购及使用上，，施工质量难以保障。施工质量参差不齐，土建安装有好有坏，有些设备粗制滥造，部分污水设施还存在生化罐漏水、上浮等严重问题。施工过程控制不当，资料收集不齐全，原始资料遗漏严重，导致后续维修维护等有难度。
四、运行情况方面
晒太阳或低负荷运行。一是镇主管领导和办事员在污水运营管理方面不是太懂，专业知识欠缺，调试等不知道如何下手，很多事情都不知道如何开展工作，进展缓慢。二是乡镇污水处理面临建设费用不足、出水水质不稳定、运行费用较高的问题。
五、
，在指导具体工作上有所欠缺，容易产生由建设方自己人员运行的情况，甚至直接交给专业运营商打理只需要看出水水质达标和污泥处置等处理结果，管理简单。这样就极易造成水质达不到要求。