由于受到很多测序、分析等技术方面的限制,在寻找新的细菌催化剂方面一直止步不前。然后,多组学技术被应用环境领域的研究中,大大加快了基础研究的进程,为环境治理和经济发展提供了有力的理论依据。
多组学的应用期间,很多的研究流程及方法值得我们借鉴,比如下面这篇文章。研究者将宏基因组和宏蛋白质组结合使用,建立了一种简单的工作流,成功在环境样本中发现了多个能够分解食用油的细菌催化剂,并对其催化活性进行了验证。
标题:Simple discovery of bacterial biocatalysts from environmental samples
through functional metaproteomics(通过宏蛋白质组学技术在环境样本中发现细菌生物催化剂)
网址:https://link.springer.com/article/10.1186%2Fs40168-017-0247-9
期刊名称:《Microbiome》 IF:8.496
发表时间:2017年5月
样本类型:土壤中分离出的菌群
技术手段:宏基因组、宏蛋白质组、基因克隆
1.取食用油污染严重地的土壤,以食用油作为惟一的碳源进行培养,达到富集分解食用油的菌体的效果,并收集菌体进行宏基因组测序;
2.收集的菌体提取蛋白,通过2D凝胶电泳分离,然后利用pMUB(带有荧光标记的脂肪酶底物)进行胶内脂肪酶分解测试,找到了14个具有分解活性的蛋白点,其中ML-005是未报道过的蛋白;
3.将ML-005进行了基因克隆,在大肠杆菌体内进行了表达并对其分解脂肪能力进行了验证。
过表达ML-005基因的大肠杆菌的细胞裂解液能够高效的分解食用油,并且比lipA(阳性对照)的效果更好。
最近,很多老师来咨询污染治理相关的宏蛋白质组学问题,想通过多组学的方法寻找一些对环境治理有益的菌群或者微生物表达的活性酶,所谓套路就是我们都可以拿来借鉴的,普适性的理论和技术。本文里的套路,就可以借鉴其精华并加以改进:
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