大家好，本周给大家分享的是发表在预印本BioRxiv上的一篇文章，题目是SeqStruct : A New Amino Acid Similarity Matrix Based on Sequence Correlations and Structural Contacts Yields Sequence-Structure Congruence ，通讯作者是IOWA州立大学的教授Jernigan RL.，该课题组的研究方向主要为生物大分子结构的计算和模拟，以及分子结构的数据挖掘。
蛋白质的序列匹配广泛应用于比较建模、蛋白质功能预测等领域，而氨基酸替换矩阵则是其所使用的一项基本工具。氨基酸相似性矩阵是基于多重序列比对（MSA）中单独一列中氨基酸类型变化的统计，之前提出的氨基酸相似性矩阵基本都是针对于单个位置，因此无法解释多个氨基酸替换之间的相互依赖。本文作者从蛋白质序列的残基之间共进化的角度出发，进一步提出使用结构上临近、有较强的相互作用的残基对的信息来构建氨基酸相似性矩阵。
具体操作上，他们首先2005个Pfam的domain提取出序列上共进化的残基对，对每一个Pfam domain，他们选出一个代表性的结构，在结构中进一步筛选出空间上距离近的残基对，统计其MSA中氨基酸替换的信息，得到一个能够反映不那么直观的氨基酸替换关系的替换矩阵，他们将其称作SeqStruct矩阵(Sequence Correlated, Structurally Contacting substitutions）。之后他们将SeqStruct与Blosum矩阵结合来评估其效果。他们认为这种新的矩阵对提高序列匹配的准确性会有很大的帮助。
引用：
doi:dx.doi.org/10.1101/268904
原文链接：
https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/02/268904
Copyright © 2023 All Rights Reserved 版权所有 福建水产设备联盟