大家好，本周分享的是发表在Journal of Computational Biology的The Relationship Between Low-Frequency Motions and Community Structure of Residue Network in Protein Molecules ，作者是清华大学周培源应用数学研究中心的Sun Weitao,研究方向为蛋白质结构和蛋白质折叠。
蛋白质的功能和它的构象变化有很大的关系。理论和实验都发现，蛋白质的分子动力学是由氨基酸自发向上层结构传递的。在蛋白质分子中，有一些残基之间联系紧密，在诸如氢键、范德华力、静电相互作用等作用力下形成了团簇，而整个蛋白质的残基和相互作用形成了一个大的3D网络。
本篇文章作者主要研究蛋白质分子的低频运动和它残基网络之间的关系。作者试图将氨基酸残基网络聚成几个子类，研究拓扑结构对蛋白分子动力学的影响。同时通过简正模分析方法，分析重要残基相互作用对（CRIPs）的作用。
研究发现，团簇结构是蛋白质残基接触网络中的重要特征。团簇内部的残基之间的连接数更多。而团簇之间会共享一些残基，简正模分析局部相互作用强度发现CRIPs经常承担这种桥联残基的角色。CRIPs可能起到将振动动量从独立的团簇中传播出去的作用。综上，作者认为蛋白的聚类结构和CRIP是蛋白质低频运动的结构基础。
CITE：Sun Weitao. Journal of Computational Biology. January 2018, 25(1): 103-113. https://doi.org/10.1089/cmb.2017.0171
LINK：http://online.liebertpub.com/doi/full/10.1089/cmb.2017.0171
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