基于质谱的血清蛋白质组学对生物标志物的发现和验证

2023-05-10 14:56:27

生物样本库BSS小组

摘要:

在临床上,经常用一些血液蛋白质指标来评估病人健康,但还需要更好且具诊断特异性的新指标。随着生物分析技术不断提高,以及专科疾病风险人群的生物样本库发展,血浆蛋白质组学,用于鉴定疾病相关的生物标志物,仍是蛋白质组学的主要研究目标。

文中展示了血清、血浆蛋白质组学的一个工作流程,包括样本准备细节(包含免疫消耗和未免疫消耗的最高丰度血浆蛋白的提取),选择性反应监测(selected reaction momitoring,SRM)的质谱鉴定验证方法。

近年来,选择性反应监测(SRM)质谱法,更多用于验证由蛋白质组学发现的标记。运用SRM法从复杂样本中对选定的肽进行定量,相比于ELISA,优点是能够在单个分析中监测多个指标。因为SRM是一个以肽为中心的方法,所以不易受样本老化的影响,而ELISA法监测,可因蛋白质构型变化而影响与表位的相互作用。

本文提供了一个血清蛋白质组学生物标志物发现和验证流程,表明通过使用免疫亲和力消耗的方法,改变血清中富集蛋白质的种类范围来进行靶向分析,最后使用MaxQuant进行原始数据的分析,从而得到血清中低峰度蛋白质的信息。 

本文展现的大致工作流程如下:

方法:

    一:去除血清免疫亲和力的流程:

1.     基于LC的高峰度蛋白的免疫耗竭

2.     缓冲液更换

3.     胰酶消化

4.     脱盐和肽浓缩

5.     稀释进样

      二:非去除血清免疫亲和力的工作流程

      三:样本分析和获得数据

      四:数据分析:

          1:基于Maxquant的数据分析

          2:用Skyline进行SRM分析

编者按:基于质谱的蛋白质组学仍然是临床样品中特别是血清或血浆生物标志物发现的一种方法。目前,随着omics平台和系统生物学方法的成熟,以及生物样本库的发展,血浆蛋白质组学,用于鉴定疾病相关的生物标志物,仍是蛋白质组学的主要研究目标。文中展示了血清、血浆蛋白质组学的一个工作流程,通过免疫亲和力的去除与非去除方法得到血清中低峰度蛋白质的信息。

 

作者:Bhosale SD, et al.【University of Turku, Finland.】

编译:曹学敏【南通大学】

校审:徐云钊【南通大学附属医院】


原文:【17114】

Mass Spectrometry-Based Serum Proteomics for Biomarker Discovery and Validation.

Methods Mol Biol.  2017;1619:451-466. doi:10.1007/978-1-4939-7057-5_31.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28674903

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