不要只羡慕别人家研究的磷酸化蛋白质组学!

2023-05-10 14:56:27

为什么要富集呢?

首先,磷酸化肽段的信号通常较弱,因为它们带负电荷,而电喷雾质谱在正电模式下工作,因此电离效果不好。其次,在大量非磷酸化蛋白的高背景下,很难观察到低丰度目的蛋白的信号。

质谱检测有什么优势呐?

质谱在鉴定蛋白上具有出色的灵敏度和分辨率,其可以检测复杂的蛋白混合物中大规模的磷酸化蛋白,包括磷酸化蛋白和磷酸化肽段的鉴定,以及磷酸化残基的测序。

下面小编给大家介绍几篇磷酸化蛋白质组学分析的文章。

Immunity

IF:22.845

样品类型:细胞

研究方法:蛋白质组学,磷酸化蛋白质组学,TMT

摘要

第一篇是2017.03.21发表在Immunity上研究T细胞激活信号网络和通路的文章,作者结合蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学,并通过TMT同位素标记技术分析,揭示了动态信号网络和T细胞活化的生物学途径。

研究结果

作者通过TMT同位素标记和LC/LC-MS/MS技术分析天真T细胞和经CD3抗体,CD28抗体刺激后2h 8 h16h后的T细胞的蛋白质组和磷酸化蛋白质组。总共定量了8431个蛋白质和13755个磷酸化肽(FDR<1%)

小结

作者以其清晰严谨的思路,应用多层次蛋白质组学分析和系统生物学描绘了T细胞蛋白质组和磷酸化蛋白质组的风貌,识别调节T细胞静止退出的信号网络和生物能学途径,证明氧化磷酸化和线粒体激活在抗原诱导T细胞反应中的功能和机制。


Blood

IF:13.164

样品类型:血小板

研究方法:磷酸化蛋白质组学,iTRAQ,绝对定量PRM技术

摘要

作者应用磷酸化蛋白质组学研究ADP调节信号。此外,模仿内皮衍生的环前列腺素的拮抗效果,证明伊洛前列素(Iloprost)如何逆转ADP调节信号。共鉴定到4797个磷酸化肽段,其中608个显著差异。ADP介导的磷酸化激活主要发生在早期(前10s),ADPIloprost干扰PDE3ASer312, CALDAG-GEFISer587, ENSASer109等位点磷酸化效应相反,可能是药物作用的中心靶点。

实验流程

研究结果

为什么只放这一个结果?

原谅小编欲罢不能的稀饭这样美貌与智慧并存的图,想知道这是what,可以去看看哦!


Nature Communications

IF:12.124

样品类型:寄生虫

研究方法:蛋白质组学,磷酸化蛋白质组学,iTRAQ

摘要

钙依赖蛋白激酶是疟疾寄生虫钙信号的关键效应蛋白。PfCDPK1对恶性疟原虫无性繁殖发展至关重要,但其明确的功能和底物在很大程度上仍未知。作者通过综合多学科方法,包括定量蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学,阐明了激酶入侵宿主红细胞的分子机制。

1. 定量蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学实验流程

研究结果

研究证明PfCDPK1参与调节关键模块,如寄生虫的IMCcAMP信号通路,PfCDPK1磷酸化PfPKA亚基(PfPKA-R),调节PfPKA活性,入侵宿主红细胞。

大家是不是发现什么特点,这三篇文献中都采用了iTRAQ或TMT同位素标记,是不是所有的样品都采用同位素标记检测的效果才好呢,对于常规组织、细胞的磷酸化推荐采用这种标记方法,细菌磷酸化建议采用非标记也就是Label free技术,为什么有样品歧视呢?因为细菌磷酸化水平非常低,很难达到标记所需的起始量,但如果老师的样品量足够足够大也是可以的。

重点在这儿

现在蛋白质磷酸化的研究越来越多,一般的研究思路:先检测总体的磷酸化水平,再筛选出差异表达的蛋白和肽段进行分析,最后就努力的验证了。

最后附送样要求,如果老师想详细了解样品的取样方法和送样量。

参考文献

1. Tan H, Yang K, et al., Integrative Proteomics and Phosphoproteomics Profiling Reveals Dynamic Signaling Networks and Bioenergetics Pathways Underlying T Cell Activation. Immunity. 2017 Mar 21;46(3):488-503.

2. Beck F., Geiger J., et al., Temporal quantitative phosphoproteomics of ADP stimulation reveals novel central nodes in platelet activation and inhibition. Blood. 2017 Jan 12; 129(2): e1–e12.

3. Kumar S., Kumar M., et al., PfCDPK1 mediated signaling in erythrocytic stages of Plasmodium falciparum. Nat Commun. 2017 Jul 5;8(1):63.


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