如何选择适合你研究的蛋白修饰位点?

如何选择适合你研究的蛋白修饰位点

—— 一个洞察蛋白翻译后修饰的网站

你在开始一个课题，或研究一个新靶点时，是否有过这样的困惑：

 

• 每种蛋白质，都有多个磷酸化修饰位点，如Mouse p53有S15-p, S55-p, S309-p等，如何选择研究哪个修饰位点？

 

• 每种蛋白质都有多种修饰方式，如Mouse P53有磷酸化、乙酰化、泛素化等，如何选择研究哪种修饰？

 

• 你正在研究某种疾病，如Alzheimer‘s disease，如何快速确定有哪些修饰位点参与这个病理过程？有无质谱数据支持？

 

工欲善其事必先利其器，不知你是否听说过这个网站：PhosphoSitePlus^®（PSP）数据库，www.phosphosite.org。它是一个洞察蛋白翻译后修饰的网站，就像是车载导航，可搜索位点指明方向。

接下来将为你一一揭开PSP网站的神秘面纱。

 

这个网站是干什么的？

 

这是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库，总结归纳了海量的通过科学研究发现的蛋白修饰位点，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用，同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。

该网站是个全面的数据资源，目前包含了30多万蛋白翻译后修饰位点信息，以及25,000 多PTMVars（PTMs Impacted by Variants）信息。CST专家从超过530种期刊中整理2001年以来包括低和高通量（low-and high-throughput，即LTP 和 HTP）在内的近万篇期刊文章。公司利用PhosphoScan^®technology [(2005)Nature Biotech 23, 94–101] 专利技术进行了蛋白质修饰位点的寻找和鉴定工作，相关数据均收录到该数据库。

 

有多少人在使用这个网站？

 

截止2012年5月30日，一共有超过50万人拜访了这个网站：

在PhosphoSitePlus^®数据库页面中，我可以得到什么？

1. 了解一个蛋白质存在哪些翻译后修饰位点；

2. 了解与特定蛋白修饰相关的疾病、细胞系、组织类型，并可以下载；

3. 了解蛋白的亚细胞定位、修饰蛋白序列、基序、结构域等；

4. 在蛋白的空间水平上显示蛋白修饰位点的位置；

5. 及时更新的激酶底物和相关序列；

 

近年来，CST科学家一直在翻译后修饰蛋白质组学方面走在技术最前沿。在过去的七年中，CST科学家已确定发现了比之前已知至少五倍以上的酪氨酸磷酸化位点。CST希望www.phosphosite.org能为大家提供一个可靠的生物调控相关蛋白翻译后修饰的在线资源，以此加速细胞信号通路基础研究的步伐，进一步了解在正常和疾病状态下细胞的调控作用，最终帮助我们找到疾病的关键生物标记物以及潜在的药物靶点。

 

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