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如何选择适合你研究的蛋白修饰位点?

华益生物科技 2019-01-13 08:47:12

如何选择适合你研究的蛋白修饰位点

—— 一个洞察蛋白翻译后修饰的网站


你在开始一个课题,或研究一个新靶点时,是否有过这样的困惑:

 

  • 每种蛋白质,都有多个磷酸化修饰位点,如Mouse p53S15-p, S55-p, S309-p等,如何选择研究哪个修饰位点?

 

  • 每种蛋白质都有多种修饰方式,如Mouse P53有磷酸化、乙酰化、泛素化等,如何选择研究哪种修饰?

 

  • 你正在研究某种疾病,如Alzheimer‘s disease,如何快速确定有哪些修饰位点参与这个病理过程?有无质谱数据支持?

 

工欲善其事必先利其器,不知你是否听说过这个网站:PhosphoSitePlus®PSP数据库,www.phosphosite.org。它是一个洞察蛋白翻译后修饰的网站,就像是车载导航,可搜索位点指明方向。


接下来将为你一一揭开PSP网站的神秘面纱。

 

这个网站是干什么的?

 

这是一个由CSTNIH联合开发的免费资源数据库,总结归纳了海量的通过科学研究发现的蛋白修饰位点,包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等,并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用,同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。




该网站是个全面的数据资源,目前包含了30多万蛋白翻译后修饰位点信息,以及25,000 PTMVarsPTMs Impacted by Variants)信息。CST专家从超过530种期刊中整理2001年以来包括低和高通量(low-and high-throughput,即LTP  HTP)在内的近万篇期刊文章。公司利用PhosphoScan®technology [(2005)Nature Biotech 23, 94–101] 专利技术进行了蛋白质修饰位点的寻找和鉴定工作,相关数据均收录到该数据库。

 

有多少人在使用这个网站?

 

截止2012530日,一共有超过50万人拜访了这个网站:




PhosphoSitePlus®数据库页面中,我可以得到什么?

  1. 了解一个蛋白质存在哪些翻译后修饰位点;

  2. 了解与特定蛋白修饰相关的疾病、细胞系、组织类型,并可以下载;

  3. 了解蛋白的亚细胞定位、修饰蛋白序列、基序、结构域等;

  4. 在蛋白的空间水平上显示蛋白修饰位点的位置;

  5. 及时更新的激酶底物和相关序列;

 

近年来,CST科学家一直在翻译后修饰蛋白质组学方面走在技术最前沿。在过去的七年中,CST科学家已确定发现了比之前已知至少五倍以上的酪氨酸磷酸化位点。CST希望www.phosphosite.org能为大家提供一个可靠的生物调控相关蛋白翻译后修饰的在线资源,以此加速细胞信号通路基础研究的步伐,进一步了解在正常和疾病状态下细胞的调控作用,最终帮助我们找到疾病的关键生物标记物以及潜在的药物靶点。

 


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