亲和色谱分离蛋白是以一个蛋白(或者一组蛋白)与特异性配基配对到色谱基质上，并且与配基具有可逆的相互作用为基础的一种纯化技术。这个技术具有高选择性，并且对感兴趣的蛋白具有很高的载量，纯化可以达到上千倍。所有的纯化技术中，亲和色谱是唯一的以生物分子的生物功能或者个体的化学结构为纯化依据的。目标蛋白质与配基之间的生物学相互作用可以是静电或者疏水性相互作用、范德华力或氢键结合力而产生。由于两者之间的相互作用是可逆的，因此可以使用一个特异性竞争的配基(如咪唑，GSSH等)，或者是用非特异性洗脱条件如改变pH、离子浓度或极性，将目标蛋白从亲和介质上洗脱下来。亲和层析可以大大简化纯化路线，节省纯化时间，且其具有的浓缩效果可以处理大体积的样品。如果没有合适的配基进行亲和层析而需要使用其它纯化技术，很可能是费时而困难的，这就是为什么亲和层析通常是实验人员首选方法的原因。
亲和介质由基质、间隔臂与配基组成。基质是用来附着配基惰性支撑物，而用来连接基质与配基的间隔臂则克服可能存在的空间位阻效应，从而改善配基与目标蛋白的结合。常见的亲和作用包括酶与底物、抗原与抗体、受体与配体、凝集素与糖蛋白，金属离子与聚His融合蛋白等等。常规的操作流程为平衡、上样、除杂、洗脱、再生。在纯化重组蛋白时，我们通常会选择人为给目标蛋白加上亲和标签以便进行亲和层析，如6*his tag，GST，MBP，这些标签的存在不仅能简化我们的纯化流程，还有其它一些辅助作用包括：增强蛋白的可溶性、协助蛋白表达、增强蛋白稳定性以及方便检测等等。常用标签的总结见下表：
His标签蛋白纯化问题程中的问题解答见下期！
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