之前的Easy Biacore干货分享中，小编给大家提供了核酸与蛋白相互作用SOP，提供了采用分子互作研究的金标准——Biacore SPR技术开展相关工作的详细操作指南，助您短时间上手并获得高质量、可靠的Biacore数据。点开回顾：Easy Biacore | 核酸与蛋白相互作用SOP
除了Biacore SPR分子互作研究技术以外，这一期小编给大家分享其它几种研究方法，在核酸与蛋白互作研究之路上助您一臂之力。
ChIP（Chromatin Immunoprecipitation）染色质免疫沉淀分析，是在体内研究蛋白质与DNA在染色质环境中相互作用的一种方法。它能真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白，是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的一种常用的方法。在生理状态下把细胞内的染色质DNA与蛋白质交联在一起，通过超声或酶处理将染色质切为一定长度范围内的染色质小片段，利用抗原抗体的特异性识别反应，用目的蛋白（如某种修饰的组蛋白，转录调控因子，等）的抗体沉淀此复合体，通过多种下游检测技术，如PCR、基因芯片、测序等方法来检测此富集片段的DNA序列。EMSA（Electrophoretic Mobility Shift Assay），凝胶迁移或电泳迁移率实验，是一种体外研究蛋白和核酸相互作用的技术，可用于定性和定量分析。通常将纯化的蛋白和细胞粗提液与标记的DNA或RNA探针一同保温，在非变性的聚丙烯凝胶电泳上，分离复合物和非结合的探针。类似于分子筛的原理，DNA-复合物或RNA-复合物比非结合的探针移动得慢。竞争实验：采用含蛋白结合序列的DNA或RNA片段和寡核苷酸片段（不标记的特异竞争分子）， 和其它非相关的片段（非特异的竞争分子），来确定DNA或RNA结合蛋白的特异性。在竞争的特异和非特异片段的存在下，依据复合物的特点和强度来确定特异结合。Supershift测定：用于鉴定DNA-复合物或RNA-复合物的构成成分。在反应体系中，加入抗体，抗体与DNA/蛋白复合物中的蛋白产生反应形成复合物会引起复合物的体积变大，在非变性凝胶中的移动变慢而DNA-复合物或RNA-复合物区别开，出现Supershift条带。Footprint，足迹实验，能够检测DNA片段和目标蛋白的特异结合，结合DNA的片段长度，并能告知与该蛋白结合的相应DNA元件序列。基本原理与DNA化学测序法相似。加入恰当浓度核酸酶和硫酸二甲酯(dimethylsulfate，DMS)对DNA进行消化剪切，将DNA部分消化，可以形成相差单个核苷酸的混合物混合物经变形后电泳分离成像，即可形成梯度DNA条带当DNA片段与蛋白相结合时，相应的DNA序列不能被消化，DNA图谱上对应形成空白区域 (protected footprint)。以上几种核酸与蛋白质相互作用的实验方法有没有给各位小主带来些许帮助？细心的小主一定发现，以上方法都需要通过芯片或者电泳成像来进行最后检测，哥家新上市Typhoon激光共聚焦成像系统，正是研究核酸与蛋白互作的神级助攻。Typhoon配备红绿蓝双近红外5色通道，可提供多种荧光标记及同位素标记检测。沿袭经典Typhoon激光共聚焦逐点扫描的特点，新一代增强检测器，提供更高灵敏度成像，获得更高质量图片。Liu et al., RPA binds histone H3-H4 and functions in DNA replication–coupled nucleosome assembly, Science 355, 415–420 (2017)L. Zhang et al., Investigation of G-quadruplex formation in the FGFR2 promoter region and its transcriptional regulation by liensinine, Biochimica et Biophysica Acta 1861 (2017) 884–891这些形象清晰的实验结果与Biacore SPR的动力学分析相辅相成，研究成果如虎添翼。