如何全面地了解一个蛋白质与其他蛋白之间的相互作用?

2023-05-10 14:56:27


研究一个蛋白,我们肯定希望对这个蛋白有个透彻的理解,最好有一个工具,我们一点击,这个蛋白一生的故事就出来了,爱过谁,恨过谁,还牵挂着谁……


    String数据库是一个搜索蛋白质与蛋白质之间相互作用的数据库,这些作用包括已经实验证实的直接作用或者间接作用,也包括一些预测的结果。

1. 我们打开 https://string-db.org/ 这个网址,Protein name输入p53,点击 Search:

2. 稍等片刻,就出现了p53相关作用的分子:

对上图有如下的解释:

3.  除了网络结构之外,我们可以点击 "Viewers" 查看其他的功能,比如 “Expertments”:

4. Expertments 里面列出了和p53相互作用的相关研究:

5.  在Analysis 选项里面,我们可以对p53相关的功能做一些分析,点击不同的功能,在网络图中会显示不同的状态。比如,我们点击p53 binding:

在网络图中显示的如下:

红色的球体代表与p53直接结合的蛋白,灰色的代表可能间接结合作用的蛋白。

6. 图中的各种颜色的线条可以点击,我们点击MDM2与P53之间的线条,展示出了MDM2和p53之间的相互作用。

7. 对于上面的网络结构,我们可以导出不同格式和不同清晰度的图片:

8. 当然,这个网络只是展示了一少部分数据,如果我们想看p53相关蛋白更大的网络结构,我们可以点击MORE,增加更多的蛋白。

9. 除了输入Protein的名字之外,我们还可以输入Protein的序列来查看:



投稿作者:Qaq-zdu

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