各大数据库分类集锦——蛋白质功能研究数据库(上)

        InterPro是一种蛋白质家族的联合资源，结构域和位点的综合的资源数据库。是蛋白序列分析与分类系统，识别全部蛋白质的结构域和序列，另外InterPro还存储了蛋白结构域序列的特征模型。InterPro将来自多个不同数据库的资源信息合并到一个可搜索的资源中，减少冗余并帮助用户解读其序列分析结果。通过与其他数据库联盟，InterPro生成了强大的诊断工具和集成资源。其中联盟的数据库包括： CATH-Gene3D , CDD, MobiDB, HAMAP, PANTHER, Pfam, PIRSF, PROSITE , PRINTS, ProDom, PROSITE, SFLD, SMART, PIRSF, SUPERFAMILY和TIGRFAMs。

http://www.ebi.ac.uk/interpro/

       提供蛋白质序列和功能信息的数据库。收集了最全面的公开可利用的蛋白质数据源。包括蛋白质名称、氨基酸序列、描述以及蛋白质功能，酶的具体信息等内容。同时提供其他数据库，包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接。是欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute,EBI），瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics,SIB）和蛋白质信息资源（Protein Information Resource,PIR）三个研究机构将SWISS-PORT、TrEMBL和PIR资源数据库整合构建Uniprot数据库。

       数据库主要由UniProtKB、UniRef和UniParc s等组成。其中，UniProtKB又包括Swiss-Prot和TrEMBL两部分，在最新版本的Uniprot数据库中，Swiss-Prot包括了 555,426条序列，TrEMBL包括了89,396,316条序列。UniProtKB数据库中的大多数序列都已经注释，可信度很高。UniRef数据库包括UniRef100，UniRef90和UniRef50，表示相似度为100%、90%和50%的序列总和。UniParc数据库给予序列特异性，非同一物种的相同序列被认为是同一个蛋白质，每条序列均给予一个特异的编号。

http://www.uniprot.org/

       STRING是已知和预测的蛋白质 - 蛋白质相互作用的数据库。互作包括直接（物理）和间接（功能）关联，它们来源于计算预测，以及来自其他（主要）数据库聚合的交互。是一个在线的蛋白网络预测分析网站，用来浏览和分析这些相关性的一个预计算的全局资源，能够检索某个特定蛋白质相互作用的其他蛋白的信息，目前STRING数据库涵盖了2031生物体的9643763个蛋白质。

https://string-db.org/

       本期数据库介绍到此为止，敬请期待蛋白质功能研究数据库（下）！