蛋白质三级结构预测还在困扰你吗?

2023-05-10 14:56:27

通常，我们会使用一下三种方法来预测蛋白质的三级结构：

方法	特点	工具
同源建模法	基于序列同源对比，对于序列相似度>30%的序列模拟比较有效，最常用的方法	SWISS-MODEL,CPHmoderls
穿针引线法	“穿”入已知的各种蛋白质折叠骨架内，适于对蛋白核心结构进行预测，计算量大	THREADER,3D-PSSM
从头预测法	基于分子动力学，寻找能量最低的构象，计算量大，只能做小分子预测	HMMSTR/ROSSETA

同源建模法

基本步骤

搜索结构模型的模板

序列对比

建立骨架

构建目标蛋白质的侧链

构建目标蛋白质的环区

优化模型

穿针引线法

基本步骤

将目标蛋白序列与已知的折叠进行对比

将目标序列“安装”到选择的模板结构上

对模板进行优化

检验模型的合理性

从头预测法

基本步骤

选择蛋白能量函数模型

选择三维结构的表示方法

选择三维结构的评论函数

选择寻找最有结构的优化方法

今天，我们就从介绍一下同源建模中，如何应用SWISS-MODEL来预测蛋白质的三维结构。

首先，我们打开网站：http://swissmodel.expasy.org/interactive

然后以AJ007012.1为例

软件预测发现，有15个模板

以第一个为例，给大家解释一下

左边的模型的一些详细信息

右边有这个模型的三维结构图，这个图能旋转的喔~

大家可以转到自己喜欢的位置观看，并且拍照。而且渐变的氨基酸序列是对应关系，方便我们找到特殊位置，像收尾处、连接处的氨基酸是哪些。

这样，根据数据选择一个最可能的蛋白质三维结构，后续还要进行一些检验等的步骤，那我们就下回分解吧~

最后，再告诉大家一些关于蛋白质三维预测的干货吧~

在线资源：CPHmodels、ESyPre3D、3DJigsaw

软件：Accelrys Discovery Studio

编辑：咸鱼君

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