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SWISS-MODEL预测蛋白三级结构

乌鲁木齐欧易生物 2019-07-06 02:11:11

对目标蛋白进行三级结构的预测,就可以大概知道蛋白空间结构是以α-螺旋为主还是β-折叠为主,有几个亚基,如果蛋白是一种酶还有助于预测活性位点的位置。对已经获得的核酸序列或氨基酸序列,怎么预测蛋白的高级结构呢?推荐使用SWISS-MODEL在线工具进行蛋白三级结构的预测。

SWISS-MODEL网站地址:https://www.swissmodel.expasy.org/

首先选择一个蛋白氨基酸序列信息,血红蛋白一个亚基

>hemoglobin subunit alpha

MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

1、打开SWISS-MODEL在线工具,点击“Start Modelling”

2、在下图红框处输入上述目标蛋白的氨基酸序列,也可以生成txt文本格式上传。

3、这里渐变颜色条表示从N端到C的氨基酸,点击“Build Model”

4、运行一段时间后会出现肽段的三维结构,三维结构是可以旋转的,任意位置可以拍照,而且与渐变的氨基酸序列是一一对应关系,便于查找特殊位置的氨基酸是哪些。模板那一栏是数据库中已经保存的三维结构信息,建模那一栏是建模出来的结果。如果建模不成功的话,可以参考模板的三维结构。简单评价建模好坏可以看GMQE值(全球性模型质量估测),其值在0-1之间,越接近1,建模质量越好。

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