那些高大上的结构图都是哪来的?

2023-05-18 23:00:13

又到一年重阳佳节~登高了么？望远了么？思亲了么？一首李健翻唱的《父亲写的散文诗》送给大家！


今天给大家介绍一个蛋白相关的重量级数据库（PDB，http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do），如果你在别处看到蛋白的PDB ID，那就这个数据库的编号啦！


最常用的两大功能：一个是搜索功能，另一个是分析功能。


PDB数据库的蛋白数据分类非常的细，包括不同物种、不同器官、实验方法以及膜蛋白等。

检索的时候我们可以直接用PDB ID查（最为精准），也可以用蛋白名称直接查询，比如MMP-9。但是用MMP-9直接查询就会出现MMP-9不同条件下的各种结构，这里我们搜出了114个结果，所以到底用哪个，还是得自己好好选一选！


选好蛋白之后，我们可以看到该蛋白的相关信息，包括3D结构啦、大小分子啦、序列信息啦等等海量的信息！


看看这3D结构，是不是还不错？多种形态自由变换！大家赶紧自己上手耍一耍吧！


还能自动旋转~


蛋白与药物的关系也是有的，并且是和DrugBank（www.drugbank.ca/）数据库直接关联的。以下是吗啡的相关检索结果：


先说说序列和结构比对功能，输入两个蛋白，可以用不同的方法进行比对分析


得到比对结果，从而预测两个蛋白是否有类似的功能，帮助我们寻找新的靶点。


再来看一个基因组定点到蛋白的功能，可以帮助我们了解SNP位点突变对蛋白的影响。比如我们查询chr16 177000这个点是如何定位到对应的蛋白上的。



包括最终的3D结构的定位


关于PDB数据库，本宫最最喜欢的是它的Learn模块，有各种各样高大上的图片、视频、书籍，感觉大学里的老师就是从这里找的资源做的课堂PPT！


PDB数据库的功能很多，本文只是非常非常简单的抽取了一些本宫觉得对大家比较有用的功能进行介绍。有关PDB数据库的问题欢迎大家留言！

另外本周六晚8点小白师姐的蛋白质组学的讲座开讲了，大家如果有问题也可以现场请教她！讲座相关的详细信息请见今天的副本！


最后，一首赵雷的《妈妈》送给大家！重阳节记得回家哟！

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