〖生物信息分析〗常用分析软件及数据库

IntegrativeGenomics Viewer(IGV)是一种探索大型综合基因组数据的高性能交互式可视化工具。它支持各种各样的数据类型，包括基于芯片测序、二代测序数据和基因组注释数据等（如.bam文件）。详细信息：http://www.broadinstitute.org/software/igv/

**提示：使用igvtools命令时要使bam.bai文件（bam的索引文件，可用samtools的index命令建立索引文件）与bam文件在同一个文件夹中

BioEdit是一个生物序列编辑器，可在Windows95/98/NT/2000中运行，它的功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制等等。

Bowtie是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。

Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。模板最小尺寸不能小于1024碱基，而短序列最长而不能超过1024碱基。换言之，bowtie非常适合下一代测序技术。

在使用bowtie前，需要使用bowtie-build来构建比对模板。

Bowtie设计思路是：1）短序列在基因组上至少有一处最适匹配，2）大部分的短序列的质量是比较高，3）短序列在基因组上最适匹配的位置最好只有一处。这些标准基本上和RNA-seq,ChIP-seq以及其它一些正在兴起的测序技术或者再测序技术的要求一致。

Samtools是一系列处理BAM格式序列的应用。它从SAM(SequenceAlignment/Map)格式输入或者输出为SAM格式，可以进行排序，合并和建立索引，并且允许快速地检索任意区域的读段（reads）。

可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。

引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。

免费的引物设计辅助软件，专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体，简化引物设计工作。

DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。

是FDA唯一批准有效的统计软件。但人机对话不方便，主要是类似DOS下的命令操作，最新的8.0版本，稍有改进，鼠标操作性较好，若今后能进一步改进操作的话，其应用将大大广泛。是专业统计人员的首选软件。

SPSS（StatisticalProduct and Service Solutions）是一种运行在Windows系统下的社会科学统计软件。

基本功能包括数据管理、统计分析、图表分析、输出管理等，具体内容包括描述统计、列联分析，总体的均值比较、相关分析、回归模型分析、聚类分析、主成分分析、时间序列分析、非参数检验等。