蛋白质PDB结构分析那些有意思的工具#每天进步一点点#

2023-05-10 14:56:27

跟大家分享昨天看的几句话：

失败只有一种－－－半途而废。

实验开始时，自己一人处理所有问题，老板整天忙着临床手术，没有时间理会我的实验。

　　每次见他，我说“实验很难，摸不到头绪。”

　　老板回答“不主动，不动手，不碰壁，是不能有技术的，包括实验和手术。”

　　整个实验，我比实验计划多花了2个月，每当遇到困难时，老板的话语总在我耳边回响，激励我前进。

是啊，不觉得在困难中跋涉，我们又如何进步那？感谢令我们感觉煎熬的环境，真正成就了我们！

今天我们来看看一些有意思的蛋白质结构分析工具。

CSU在线服务器，可以观察相应输入的PDB文件中蛋白质的二级结构，对二级结构进行分类处理，同时还可以具体分析每一个残基与其他残基之间的作用关系：

可以看到，对应的sheet相应的参数，点击后，我们还可以看到具体残基的参数：

可以观察到相应的距离，接触面积，疏水疏水相互作用等。

第二个介绍的工具叫what if：

whatIF的功能非常强大，我们可以使用它进行蛋白质单氨基酸的突变：

我们可以点击，相应的突变氨基酸后的pdb文件。

更加直观的网站是PDB sum：

我们可以直接浏览二级结构，motif，与DNA RNA的相互作用等。

并且，程序植入了nucplot程序，可以直接观察残基与DNA之间的相互作用情况。

另外一个有用的PDB处理网站是：PDBSAT：总结了相应的功能信息

愿天下所有有志者事竟成！

小编邮箱 mdc14@mails.tsinghua.edu.cn

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