【质谱小课堂】你知道蛋白质鉴定的可信度判断标准吗?
很多客户在刚刚接触质谱这种“复杂”又“高深”的技术的时候都会有这样的疑问：“我拿到鉴定结果的时候，怎么知道它是否可信呢？”
其实，不同精度的质谱其鉴定结果的筛选标准和可信度判断标准会稍有不同的。在这里，小编特以常见的LTQ Velos和QE这两种质谱作为典型介绍。
LTQ Velos结果通常会采用Sequest的软件进行查库，而采用的筛选标准通常设为：
搜正库：Xcorr得分1价离子≥1.9，2价离子≥2.2，3价离子≥3.75。搜正反库：protein FDR ≤ 0.01及peptide FDR ≤ 0.01。
QE鉴定的结果通常采用Mascot软件查库，如果查询数据库为正库，筛选标准score ≥ 20；如果是正反库，采用的筛选标准为：protein FDR ≤ 0.01及peptide FDR ≤ 0.01。
经过上述标准给出的蛋白质可以认为是可信的。在此基础上，想采用更加严格的标准筛选出结果而用于后续研究或者发表文章使用，则建议如下：1）对于LTQ Velos的质谱鉴定结果，可进一步选择unique peptide ≥ 2的蛋白质；对于unique peptide = 1的蛋白质，如果peptide ≥ 2，则说明该肽段被检测到多次，而这类蛋白质也会被认为是可信的。2）当unique peptide = 1、peptide=1时，如果是高精度质谱仪（如QE）的鉴定结果，其肽段的score ≥ 20（Mascot得分），一般也会被认为是可信蛋白质。
今天的小课堂知识介绍到此结束，短短数语，不足以完全概括出质谱技术的奥妙所在，所以还是希望各位研究爱好者可以多读文献多获取不同信息以供互动交流，共同进步！期待下一次的小课堂！
上海中科新生命生物科技有限公司成立于2004年，拥有独立的服务平台，通过自主创新技术以及与中国科学院上海生化细胞所蛋白质组研究分析中心的合作，已成为行业内技术领先的服务提供商，可专业提供生物制药质量评估、蛋白质组学、代谢组学以及生物信息学服务。公司自成立至今，已为超250家生物医药公司、超350家科研院校、超200家临床医院提供服务。
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