基于高通量检测技术的转录组学研究方法比较分析
转录水平的调控是最重要也是目前研究最广泛的生物体调控方式。转录组的研究比基因组的研究能给出更高效的信息。如图可以看出不同生长时期的完全变态昆虫具有明显的表型差异，通过转录组学研究可以确定其不同时期活跃表达的基因，从而为蛋白质组学研究提供依据。
目前高通量研究mRNA的主要方法包括基于杂交技术的表达谱芯片技术，另一种方法是基于高通量测序的RNA-seq技术。这两种检测技术都具有通量高，定量准确和重复性好等特点。
优点：高通量；定量准确；可重复性好；分析结果可靠，适合低丰度的基因检测；实验周期短。
缺点：检测范围受限。
优点：高通量；定量准确；可重复性好；不受物种限制；分析结果可靠。
缺点：限制了低丰度RNA的读取数量以及表达水平的准确性；实验周期长；操作复杂。 那么我们在实验过程中采取哪种检测方法比较好呢？
我们来为大家介绍下面这篇文章
SEQC/MAQC-III Consortium. A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium. Nat Biotechnol. 2014.
作者分别使用表达谱芯片和高通量测序技术检测不同样品的表达情况，发现RNA-Seq能检测到多少信息取决于测序的深度；低表达丰度转录本检测需要更深度的测序，深度测序可以提高检测的可信度，同时会导致测序成本急剧上升。
虽然作者认为转录组测序替代表达谱芯片是可行的，但是要检测出基因中的全部转录本信息，对于全基因组范围内的转录组测序来说是困难的。因此，从长远看，表达谱芯片至少可以找到已知的基因，如果您知道自己研究的基因信息，且后期不会改变，选择表达谱芯片是最好的技术，因为它们更容易、更快、更节约成本，所以作者认为这两种技术是高度互补的。
因此我们的建议是如果实验样本是已知基因组物种的已知基因，建议使用表达谱芯片技术，如果研究稀有物种的未知信息，探索新基因，建议使用转录组测序技术，这两种技术是高度互补的。根据您自身的实验需求来选择适合的实验方案才是最好的方法。
北京康普森生物技术有限公司2011年8月成立， 是行业内最早成立的基因芯片和高通量测序检测公司之一，同时拥有全球认可度最高的美国illumina基因芯片/测序平台和美国Affymetrix基因芯片平台，依托基因芯片和基因组高通量测序平台开展技术服务，并与业界前沿专家进行合作开发具有独立知识产权的基因芯产品，应用于农业育种及人类健康检测。公司服务对象涵盖中国科学院、农业科学院、高校、医院、农业（动、植物）育种公司及健康检测公司。
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