蛋白质组学技术在课题设计及基金申请的解决方案学习班

蛋白质组学技术在课题设计及基金申请的解决方案学习班

2017年1月7-8日（周六、周日） 上海

 

    目前，高通量的基因组、转录组学技术非常成熟，能大规模的对样品DNA和RNA进行分析，筛选到成千上万的差异表达基因。但是有一个核心的问题，即DNA/RNA的水平与蛋白质的水平没有正相关性（＜30%），导致在基因层面上筛选到差异表达基因往往不能映射到蛋白质水平；此外，蛋白质区别于DNA/RNA的另一个显著特性—翻译后修饰（磷酸化、乙酰化、甲基化、泛素化、SUMO化等），蛋白质翻译后修饰往往会影响/改变蛋白质的活性和功能。蛋白质的翻译后修饰显然无法在DNA和mRNA水平上进行检测。

    现在是后基因组时代。绝大多数的生物学/医学的学术文章，都要求做到蛋白质水平。鉴于DNA/RNA与蛋白质的诸多差异，直接从蛋白质水平入手，对样品进行分析是大势所趋。LC-MS为基础的蛋白质组学技术的快速发展，为蛋白质的高通量分析和后续特定蛋白质的深入功能解析提供了强有力的技术保障，其突出优势体现在：（1）高通量地对未知蛋白质样品进行分析，能一次从样品中鉴定到成千上万种蛋白质；（2）真正做到有的放矢。通过LC-MS分析，能一目了然地知晓样品中的蛋白质具体信息。此外，各种定量技术的引入（SILAC、iTRAQ、TMT、label-free、MRM等），不但能知道样品中有什么蛋白质，同时又能对多组样品中的每一个蛋白质的表达水平进行相对/绝对的定量，有利于快速锁定目标分子，从而进行深入的生物学功能分析；（3）能直接对各种翻译后修饰进行鉴定与定量分析。

    通过LC-MS为基础的蛋白质组学技术，您可以进行差异蛋白质组学分析（筛选样本中差异表达的蛋白质）、相互作用分析（蛋白质与蛋白质、DNA、RNA、小分子等）和蛋白质翻译后修饰分析（甲基化、磷酸化、乙酰化等）等，能鉴定/定量成百上千个蛋白质/位点，拥有了专属于您的、样品特异性的蛋白质组数据库。问题：（1）在这么多的蛋白质中，如果锁定感兴趣的目标分子？（2）如何运用传统的生物学技术和方法对筛选到的目标分子进行细致的生物学功能分析，为文章添色，提高文章的档次？

本课程将从LC-MS为基础的蛋白质组学技术原理出发，结合发表的学术文章，对目前的主流蛋白质组学技术进行详细讲解，旨在帮助学员深入理解蛋白质组学技术的原理、优势以及如何将蛋白质组学技术系统地整合到自己的课题设计和标书申请项目中。

课程解决内容：

什么是蛋白质组和蛋白质组学？

蛋白质组学的研究内容是什么？

LC-MS进行蛋白质鉴定的具体原理

1、LC的作用   2、MS数据采集

数据库搜索（database search）如何完成蛋白质的鉴定？

1、蛋白质组数据库资源及下载

2、MS数据搜库及蛋白质鉴定

2D-gel的技术原理

结合文献，讲解2D-gel结合MALDI-TOF MS进行差异蛋白质组学分析方案

1、样品类型及实验设计

2、2D-gel分离及差异点筛选

3、差异点MALDI-TOF MS鉴定

4、差异蛋白质验证及功能分析

结合文献，讲解免疫共沉淀（Co-IP）结合LC-MS进行蛋白质相互作用分析方案

1、免疫共沉淀实验设计

2、免疫沉淀蛋白质复合物纯化

3、差异条带切割、酶解及LC-MS鉴定

4、蛋白质功能注释查询及目标分子筛选

5、目标分子的生物学功能实验解析相互作用的分子机制

SILAC定量蛋白质组学技术原理

SILAC实验设计

结合文献，讲解SILAC结合LC-MS进行细胞差异蛋白质组学分析方案

1、实验设计及流程

2、蛋白质LC-MS鉴定及定量分析

3、根据定量结果，筛选差异表达的蛋白质（几百个）

4、生物信息学（GO分类、pathway聚类等）分析差异表达的蛋白质

5、生物学实验验证蛋白质组学数据

结合文献，讲解SILAC结合免疫沉淀（Co-IP）和LC-MS进行蛋白质相互作用分析方案

1、SILAC+Co-IP实验设计

2、Co-IP纯化蛋白质复合物及SDS-PAGE分离

3、蛋白质复合物LC-MS鉴定与定量

4、定量结果分析，筛选潜在的特异性相互作用蛋白（几十个）

5、生物信息学（GO分类、pathway聚类等）分析特异性相互作用蛋白质

6、Co-IP结合Western blot验证特异性相互作用

7、特定相互作用蛋白的生物学功能解析

结合文献，讲解运用SILAC技术对模式生物进行差异定量蛋白质组学分析方案

模式生物SILAC技术原理

模式生物SILAC实验设计

蛋白质LC-MS鉴定与定量

根据定量结果，筛选差异表达的蛋白质

差异表达蛋白质的功能分析

结合文献，讲解运用SILAC技术（super-SILAC）对人体病理组织进行差异比较定量蛋白质组学分析方案

Super-SILAC的技术原理

Super-SILAC实验设计

Super-SILAC结合LC-MS对蛋白质样品进行鉴定与定量分析

iTRAQ/TMT技术原理

iTRAQ/TMT实验设计

结合文献，讲解运用iTRAQ/TMT技术进行差异蛋白质组学分析方案

1、iTRAQ/TMT实验设计及流程

2、蛋白质LC-MS鉴定与定量

3、定量数据分析，筛选差异表达蛋白

4、差异表达蛋白质生物学方法（western blot、ELISA等）验证

5、差异表达蛋白质功能解析

Label-free定量蛋白质组学技术原理

结合文献，讲解运用label-free技术进行差异蛋白质组分析

生物信息学开放资源及软件简介

1、蛋白质功能查询：Uniprot、genecards等

2、蛋白质相互作用查询：HPRD、Biogrid等

3、蛋白质功能分类：GO、DAVID、Panther等

4、信号通路分析：KEGG等

5、蛋白质相互作用网络：STRING、Cytoscape等

本班特色

1、本班授课采用通俗易学的模式授课，让你从零基础开始，一步一步理解LC-MS为基础的蛋白质组学技术原理，在此基础上，并更进一步理解目前主流的定量蛋白质组学技术（SILAC、iTRAQ/TMT、label-free等）的原理及应用。

2、以发表的学术文章作为实例，系统讲解每一种蛋白质组学技术的应用方案及策略，举一反三，让你完全理解每种技术的特色优势，能在将来将其整合到自己的研究方案和课题中。

3、以大量的实例图片出发，系统讲解目前主流的、以LC-MS为基础的蛋白质组学技术原理。各种技术分别讲解，系统分析每种技术的特色优势及应用。

4、结合文献实例，深入浅出地分析每种蛋白质组学技术的设计思路、实验方法、数据分析、目标筛选、功能实验等具体细节，加深和强化对蛋白质组学技术的理解。

5、从生物学/医学研究的实际出发，在产出的蛋白质组学数据的基础上，如何筛选和锁定目标分子，如何设计实验对目标分子进行深入的功能分析（包括分子水平、细胞水平和动物模型等层面），以提升文章的档次。

主讲老师

唐博士。2010年毕业于复旦大学生物医学研究院，获蛋白质组学与系统生物学专业博士学位。研究方向是将LC-MS为基础的蛋白质组学技术与传统生物学方法有机整合，系统进行蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质翻译后修饰、肿瘤分子标志物筛选等工作。整体的研究思路是借助于LC-MS的为基础的蛋白质组学技术，高通量的对样本的蛋白质组分进行系统分析，发现和筛选新的目标蛋白质分子。后续利用传统的生物学实验手段，系统解析目标分子的分子机理。先后在Journal of Proteome Research等专业性学术期刊上发表了多篇学术论文。

主办单位：上海玮瑜生物科技有限公司  

时间地点：

2017年1月6日报到，7日-8日授课。上海田林宾馆（上海市田林路1号）住宿统一安排在上海田林宾馆。标准间单住360元/人、合住180元/人（含早餐），费用自理。合住的学员最后出现单人无法安排的情况，需要自补房间差价。

注册费用：

2400元/人。授课期间发放纸质邀请函（盖章）和发票。

按交费先后顺序确定座位号。提供午餐，晚餐自理。

报名方式：

或者扫描下面二维码，备注蛋白质组学培训班，由管理员拉进微信群。并向管理员索要报名表

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关于举办第八期CRISPR/Cas9基因组编辑技术学习班的通知

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