大家好，本周我分享的文章是发表在Nature Communications上的Global profiling of protein–DNA and protein–nucleosome binding affinities using quantitative mass spectrometry。文章通讯作者是德国环境健康研究中心的Till Bartke和荷兰拉德堡德大学的Michiel Vermeulen，前者主要研究组蛋白修饰，后者主要研究蛋白质组学和染色体。。
相互作用蛋白质组学对于深刻理解生物分子间的相互作用有着重要价值。但如今这种相互用组学的报道往往停留在二元论——是或否的阶段。这里作者提供了一种组学层面上确定成百上千个核蛋白与DNA或核小体作用的表观解离常数的实验方法。
作者结合10标的TMT和亲和纯化的方法，在合成的寡聚核苷酸片段5‘端修饰上biotin，与streptavidin-beads结合后，稀释成10个浓度梯度，从nM级到mM级，再往其中加入细胞核裂解液，反应一定时间后，经离心、洗涤、酶切、TMT标记、HPLC 分离后，使用SPS-MS3质谱检测。以TMT 131为100%进行归一处理，通过Hill-like曲线拟合，可计算出表观解离常数。
作者使用SP/KLF家族特异识别DNA序列为例，进行验证。之后，作者使用无biotin修饰的野生型和突变型寡聚核苷酸片段进行竞争实验表征其该方法的特异性和灵敏度，并在G4链体上进行探究。最后，为标明该方法可以用在核蛋白复合物上，作者使用该方法对单核小体、双核小体和修饰的双核小体的相互作用蛋白进行探究。
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-018-04084-0
DOI: 10.1038/s41467-018-04084-0