文章来源 :程开, 陈旭东, 吕开绩, 等. 温州医科大学学报, 2018, 48(5): 319-324, 329.
PD-L2蛋白B细胞表位预测及其与PD-1结合的三维结构分析
程开1，陈旭东1，吕开绩1，金劲激1，叶晓鲜2，张丽芳2，朱冠保1
（1温州医科大学附属第一医院 胃肠外科，浙江 温州 325015；2.温州医科大学 微生物学与免疫学教研室 分子病毒与免疫研究所 热带医学研究所，浙江 温州 325035）
[摘 要]
目的：对人源程序性死亡因子1配体2（PD-L2）的B细胞表位进行预测及其与PD-1结合的三维结构分析。
方法：采用生物信息学分析软件及服务器上的在线分析系统预测人类PD-L2蛋白的二级结构，柔性区域，Hopp&Woods亲水性、Zimmerman极性参数和Jameson-Wolf抗原指数以及Emini表面可及性方案等，预测结果被用以对PD-L2的优势B细胞表位区段进行多方面分析。运用抗原指数分析，预测PD-L2的B细胞表位。使用BLAST分析人源PD-L2与小鼠PD-L2的同源性，将人源PD-L2的B表位与小鼠PD-L2的序列进行匹配。将与人源PD-L2表位匹配的序列在小鼠PD-1与小鼠PD-L2的结合模型上定位，对其立体结构进行模拟，进一步直观地分析B细胞表位与蛋白结合位点的关系。
结果：PD-L2的全长氨基酸序列共含有273个氨基酸，相对分子质量为31 kDa的可溶性蛋白；经综合分析，其B细胞优势表位可能为氨基酸序列N端的60～72、93～97、133～139、164～171区段。模拟立体结构分析显示表位60～72区段“QKVENDTSPHRER”位于PD-1与PD-L2的结合区域内。
结论：利用生物信息学预测发现PD-L2的优势B细胞表位中，60～72、93～97、133～139、164～171区段为PD-L2的B细胞表位，其中表位60～72区段“QKVENDTSPHRER”位于PD-1与PD-L2的结合区域内。可为PD-L2抗体设计和研究提供理论基础。
[关键词]程序性死亡因子1；程序性死亡因子配体2；B细胞表位；立体结构
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