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蛋白质是饲料营养成分中最重要的一种。它是家畜生命和生产所必需的营养物质。家畜的肌肉、内脏、奶汁等，主要是由蛋白质构成的。植物中蛋白质含量不高，而驴身体的l／5构成来自于蛋白质，因此需要进食相当数量的饲料蛋白质才能满足生产的需求。
在饲养肉驴时，日增重较高，其增重部分大多来自肌肉的生长，而肌肉的形成要靠蛋白质。摄人体内的饲料蛋白质经消化吸收后，有70％-80％被利用组成驴体组织而形成产品；20％-30％在体内分解，放出热量，分解后产物随尿排出。日粮中能量不足常会增大体内蛋白质的分解，以补足肉驴对能量的需要。因此，肉驴育肥日粮中必须含合规定量的能量，避免因能量不足而动用体蛋白，以致影响育肥效果。
饲料中蛋白质不足，驴体内的蛋白质代谢变为负平衡，结果是驴体重减轻，产乳量及生产率均降低。蛋白质不足还会影响到驴的正常繁殖，公驴精子数量下降，品质降低，母驴发情及性周期异常，不易受孕。即使受孕，胎儿发育不良，也会产生怪胎、死胎及弱胎，其至流产。