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测序与芯片高通量数据挖掘与分析学习班(上海 5.26-27)

生信人 2019-06-19 10:44:31

测序与芯片高通量数据挖掘与分析学习班

(上海,北京班)



生物信息学(bioinformatics)定义:是在大分子方面的概念型的生物学,并且使用了信息学的技术,这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法,并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。


生物信息学魅力

帮助预测疾病相关的潜在基因,以及该基因潜在的作用靶点、上游调控转录因子等,从而指导实验方向、缩小试验范围、简化试验流程。

         为基金申请提供支持,通过强大的信息数据的收集整理,减少投入增强研究目的性;且通过整合技术优势,指导提高临床诊断水平。

        丰富的免费的数据资源和生物软件工具:数据库:NCBI, EBI, DDBJ, PDB,SWISS-PROT等;软件工具:CytoscapeBLAST,  R语言,String,  David等。




本次培训目的:

        很多老师都做过测序或者芯片实验,虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析,比如过滤、质控、比对、定量和差异等,但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析,并不能完整的讲一个故事!因此,需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力,从海量信息中获得自己想要的关键基因!


培训预期:

  通过2天的培训,使学员掌握生信文献分析思路和8个实用操作知识点(具体见最后),可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。




案例:


该文献的分析流程如下图所示:


我们可以看到该文献主要的分析步骤有:差异表达分析、聚类热图构建、GOKEGG 通路分析、蛋白互作网络分析、生存曲线分析等。我们的主题基本上按照类似的文献思路进行讲解,和大家一起分享一下一篇SCI文章的生信分析步骤。

 

通过2天的学习,我们可以掌握一篇生信SCI文献的所有分析模块,并可以独立的结合自己的研究方向进行生信分析和数据挖掘,获得一套属于自己的分析结果。


第一天上午第一节:基因数据库使用介绍

测序标准报告的解读。

NCBI Gene数据库:最权威的基因综合数据库之一。

NCBI GEO数据库:数据量最大的高通量公共数据库。

GEO2R工具:在线做差异分析的R工具

bioDBnet:在线基因ID转换工具。

Uniprot最权威的蛋白综合数据库之一。

 

第一天上午第二节: DAVID工具——功能富集分析

         功能富集的原理和意义

基因ID转换

         基因功能注释(GO KEGG pathway

         基因功能富集(GO KEGG pathway

         基因功能聚类(GO KEGG pathway

        

第一天下午第三节 聚类热图及pathwaymap

KEGG 数据库:最权威的通路数据库(pathway map 分析)

HEMI软件:构建聚类热图的本地软件

 

第一天下午第四节. STRING工具——基因/蛋白相互作用分析(PPI

         蛋白互作分析的原理和意义;

         单个蛋白的蛋白互作分析;

         多个蛋白的蛋白互作分析;

         STRING工具的使用步骤:输入、参数设置、输出等。

 

第二天上午第五节 cytoscape网络做图软件(上)

         网络图构建

         逐个修改节点的属性和修改边的属性

         网络展示方式layout更美观

         网络统计分析

        

第二天下午第六节  cytoscape网络做图软件(下)

         批量修改节点的属性和修改边的属性

         Cytoscape的常用插件:ClusterONE

         Cytoscape的常用插件:BinGO

第二天下午第七节  答疑环节


通过该主题的学习,可以学会:

  1. 高通量公共数据的详细信息查找/下载;

  2. 在线做差异表达分析

  3. 在线blast分析

  4. 基因ID转换

  5. 通路map图制作

  6. 功能富集分析

  7. 蛋白互作分析

 8.网络图的构建和美化。


示例图 通路富集分析结果图


示例图 GO富集分析结果图


示例图 蛋白互作网络图

  

示例图 调控网络图


示例图 pathwaymap


讲师宋博士简介:

 

成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

 

研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perlR等编程语言。

 

培训经历:在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有:医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。


培训方向:

《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等



学习班时间与地点(上海,北京班)

 

上海班  培训时间:2018年5月26-27日 (2天)

培训地点: 上海好望角大饭店   上海市肇嘉浜路500号


北京班  培训时间:2018年7月7日-8日  (2天)


培训地点: 北京金泰绿洲大酒店,北京市东城区永外彭庄甲58号


上海班  培训时间:2018年8月4-5日 (2天)

培训地点: 上海好望角大饭店   上海市肇嘉浜路500号



学习办主办:医药加学习班

学习班承办方:上海遐永医药科技

学习班赞助方:尔云生信


收费标准:

 

 注册费:2500元每位(注册费包含电子版教材、午餐,住宿费自理。)

优惠政策:

1. 提前确认报名及转账的,可以提前拿到学习材料

2. 三人组团报名,每人可优惠100

3. 四人组团报名,每人收费2300元,

4.  五人组团报名缴费,额外带一人免费注册! 

5. 参加免注册费复听的老学员,需缴纳500元餐费(两顿午餐,一顿晚餐,可开会务费发票,介绍新学员来的,免除餐费) 

 

可以开正规会务发票,纸质邀请函(盖红章)。 

 

特别说明:如果需要学习班的上外网路由神器,用于上google学术等国外网站,请自己在邀请函上加900元,我们会在你们的会务费发票上加900元,给您开发票,如果不需要神器,就是按照我们邀请函上的价格,神器可以至少保证用2年以后。


学习班报名方式:







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