全面多平台的癌症基因组图谱分类泛癌基因组,一个里程碑式的研究给出答案.

       这篇Cell旗下的文章评论泛癌基因组图谱PCA的意义：NIH12年前组织的TCGA是里程碑式的研究，首先说加州大学的Josh Stuart团队进行了泛癌基因组PCI研究，启动了对各种不同肿瘤的聚类分析，在肿瘤生物学行为方面可以从肿瘤原癌细胞发生，遗传学染色体基因组变异，浸润转移和靶向治疗共性等在不同器官有相同特征，其次说不同器官肿瘤在肿瘤生长过程即基因变异到表达谱和蛋白质功能改变有相同的特征，然后介绍癌症信号通路，细胞周期和凋亡生长的相似性。

        癌症基因组对大量多种癌症研究发现，不同器官癌症聚类有共同的分子基础，借此可以进行相同的治疗，类似中国医学的异病同治，但是单一器官肿瘤也有各自的亚克隆根系基因特征和信号通路，需要精准区分有效治疗。

        癌症基因组完成后五年，通过不断分析合并各器官肿瘤全基因组数据，站在解剖部位之外更宏观的看到癌症是一种有区别的共性疾病。不能对其器官限制诊断和治疗。临床治疗不同癌症用相同药物二线，三线治疗有效，相同药物TKI对肺腺癌EGFR突变从初治耐药到晚期再次进行跨线治疗有效，都显示了上述泛癌基因组特征。

        一句话，癌症是需要突破解剖命名的全基因组第次进展疾病。把握癌症需要用染色体核型改变、基因突变、CNV变异、基因表达谱、甲基化和miRNA和蛋白质差异表达多平台研究。但是具体诊疗可以依据病情或目的选择全基因组或基因群方法。

       ------------赖仁胜主任医师评

【为什么会出现癌症？里程碑式研究提供独到见解】十多年前开始的一项大规模研究工作已经完成了一个全面的PanCancer Atlas，它首次为研究人员和临床医生提供了一种根据其基因组和分子特征全面了解癌症的方法。

癌症在字典中

        研究人员透露PanCancer Atlas内包含的详细信息。

        PanCancer地图集非常广泛，涵盖了几个Cell期刊上发表的二十多篇科学论文。

        它代表癌症基因组图谱（TCGA）工作中的一个巨大里程碑。

        这是由国立卫生研究院（NIH）内的两个研究机构赞助的：国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所。

        全美超过二十多个研究机构的150多位研究人员参与了这项耗资3亿美元的项目。

        “这个项目，”美国国立卫生研究院院长弗朗西斯科林斯博士说，“是十多年开创性工作的结晶。”

        您可以通过门户网站访问新发布的PanCancer Atlas论文，该门户将它们分为三类：“原始细胞模式，致癌过程和信号通路。”

从不同的角度看癌症

        癌症是一种疾病，当细胞由于其DNA的错误而开始失控时，就会出现这种疾病。传统的癌症分类方法是根据它在体内的起始位置 - 例如乳腺癌，前列腺癌或胃癌。

        PanCancer Atlas的这项工作在2012年在加利福尼亚圣克鲁斯举行的一次会议上作为Pan-Cancer Initiative发起。

        到那时，科学家们已经注意到一些关于癌症的有趣特征，导致他们质疑对疾病进行分类的传统方式。

        一个有趣的特征是，尽管它们已经开始于身体的不同部位，但一些癌症在分子水平上是相似的。

        另一个有趣的特征是，在同一组织中开始的癌症在分子水平上可能非常不同，具有不同的“基因组谱”。

对研究人员和临床医生的影响

        这些早期的分子见解促使研究人员调查每种癌症基因组中的变化，其DNA的完整组合可能会驱动疾病。

        PanCancer Atlas是这项努力的产物，并将为改善各种形式癌症的预防，检测和治疗铺平道路。

        正如Pan-Cancer Initiative协办单位Josh Stuart--加州大学圣克鲁斯分校生物分子工程教授解释说：“了解一种癌症如何与另一种形式的疾病相关，可能具有真正的临床意义。”

        “他继续说道，”在某些情况下，我们可以借鉴已知疾病的临床实践，并将其应用于治疗方案不明确的癌症。

        从分子角度看癌症也为探索已被批准用于其他具有癌症分子特征的疾病的药物开辟了机会。

        其中一个例子是在类风湿性关节炎中被激活的JAK / Stat分子途径。研究人员发现，这个通路在一些新确定的肿瘤组中上调。

PanCancer Atlas论文

        三个PanCancer Atlas论文集中的每一个都是由旗舰或摘要论文引入的。在门户的着陆页上有明确的链接和相关文章。

        第一篇总结性文件介绍了“原始细胞模式”这一类别，概述了研究人员如何根据基因表达，染色体异常和DNA变化使用“分子聚类”将肿瘤分组。

        它表明这些发现将导致对于不同类型的癌症的更具体的治疗。

        第二篇简要论文介绍了“致癌过程”类别，并建议这些发现将有助于研究人员确定他们应该研究哪些免疫疗法和其他治疗的优先顺序。

        除了给出一个广泛的总结，该论文描述了癌症发展中三个关键过程的鉴定：遗传和获得性突变;肿瘤基因组和表观基因组如何影响基因和蛋白质的表达;和肿瘤细胞与免疫系统之间的相互作用。

        涵盖“信号传导途径”类别的第三篇总结性文章总结了调节细胞周期，细胞生长和细胞死亡的信号通路中基因组改变的发现。

        这篇论文强调了这些过程对于不同癌症的相似性和差异性，并且表明这些发现将有助于在个性化药物和联合治疗中开发新的治疗方法。