序
HTMD在准备蛋白体系方面比较智能有明显的优势,能够方便的就行操作并在浏览器中进行可视化。对于从事蛋白、蛋白-蛋白和蛋白-抗体动力学模拟的用户提供了很多遍便利。
用户只需有基本的Python基础就可以很轻松的运用HTMD构建相关体系。本文就介绍一个蛋白-蛋白动力学体系构建的实例。
Building for protein-protein interactions
#!/usr/bin/python3
# coding: utf-8
# In[1]:导入模块,开启可视化
from htmd.ui import *
config(viewer='ngl')
# In[2]:加载蛋白
barnase = Molecule('2f4y')
barstar = Molecule('2hxx')
# In[3]:清理蛋白结构
barnase.filter('chain A')
barstar.filter('chain A')
# In[4]:开启可视化,双显
from ipywidgets.widgets import Box; w = []
w.append(barnase.view())
w.append(barstar.view())
Box(children=(w[0],w[1]))
# In[5]:突变修饰残基
barstar.mutateResidue('resname 4IN', 'TRP')
# In[6]:分配链,并重命名
barnase.set('chain', 'A', 'protein')
barstar.set('chain', 'B', 'protein')
barnase.set('segid', 'BRN')
barstar.set('segid', 'STR')
# In[7]:分别分配添加水分子
barnase.set('segid', 'W1', 'water')
barstar.set('segid', 'W2', 'water')
# In[8]:合并两个蛋白质
mol = Molecule()
mol.append(barnase)
mol.append(barstar)
# In[9]:居中
mol.center()
# In[10]:计算体系半径
from htmd.molecule.util import maxDistance
D = maxDistance(mol); print(D)
# In[11]:添加合适的溶剂盒子
D += 5
smol = solvate(mol, minmax=[[-D, -D, -D],[D, D, D]])
# In[12]:建立体系的charmm力场溶剂化体系
molbuilt = charmm.build(smol, outdir='./build/')
运行代码块产生的体系相关坐标和拓扑文件。
# In[13]:可视化构建的体系
molbuilt.view(sel='protein',style='NewCartoon',
color='Secondary Structure', hold=True)
molbuilt.view(sel='water',style='lines')
参考资料
https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/tutorials/system-building-protein-protein.html
https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/introduction.html
https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/building.html
http://gainstrong.net/works/hudong/
(一)基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装
(二)初学ACEMD:HTMD入门使用指南
(三)ACEMD之利用HTMD建立蛋白-配体系统
(四)ACEMD入门:利用HTMD可视化分子和动力学轨迹
(五)ACEMD入门:利用HTMD进行(MD)项目实践
(六)ACEMD之利用HTMD准备蛋白
(七)ACEMD之利用HTMD构建膜蛋白体系
(八)ACEMD之利用HTMD进行蛋白动力学模拟
(九)ACEMD之利用HTMD进行配体结合分析
(十)ACEMD之利用HTMD进行蛋白折叠分析
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