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ACEMD之HTMD高级应用:建立蛋白-蛋白相互作用体系

格致斯创 2019-04-19 11:58:18

HTMD在准备蛋白体系方面比较智能有明显的优势,能够方便的就行操作并在浏览器中进行可视化。对于从事蛋白、蛋白-蛋白和蛋白-抗体动力学模拟的用户提供了很多遍便利。


用户只需有基本的Python基础就可以很轻松的运用HTMD构建相关体系。本文就介绍一个蛋白-蛋白动力学体系构建的实例。


Building for protein-protein interactions


#!/usr/bin/python3

# coding: utf-8

# In[1]:导入模块,开启可视化

from htmd.ui import *

config(viewer='ngl')


# In[2]:加载蛋白

barnase = Molecule('2f4y')

barstar = Molecule('2hxx')


# In[3]:清理蛋白结构

barnase.filter('chain A')

barstar.filter('chain A')


# In[4]:开启可视化,双显

from ipywidgets.widgets import Box; w = []

w.append(barnase.view())

w.append(barstar.view())

Box(children=(w[0],w[1]))


# In[5]:突变修饰残基

barstar.mutateResidue('resname 4IN', 'TRP')


# In[6]:分配链,并重命名

barnase.set('chain', 'A', 'protein')

barstar.set('chain', 'B', 'protein')

barnase.set('segid', 'BRN')

barstar.set('segid', 'STR')


# In[7]:分别分配添加水分子

barnase.set('segid', 'W1', 'water')

barstar.set('segid', 'W2', 'water')


# In[8]:合并两个蛋白质

mol = Molecule()

mol.append(barnase)

mol.append(barstar)


# In[9]:居中

mol.center()


# In[10]:计算体系半径

from htmd.molecule.util import maxDistance

D = maxDistance(mol); print(D)


# In[11]:添加合适的溶剂盒子

D += 5

smol = solvate(mol, minmax=[[-D, -D, -D],[D, D, D]])


# In[12]:建立体系的charmm力场溶剂化体系

molbuilt = charmm.build(smol, outdir='./build/')

运行代码块产生的体系相关坐标和拓扑文件


# In[13]:可视化构建的体系

molbuilt.view(sel='protein',style='NewCartoon',

color='Secondary Structure', hold=True)

molbuilt.view(sel='water',style='lines')


参考资料

  1. https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/tutorials/system-building-protein-protein.html

  2. https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/introduction.html

  3. https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/building.html

  4. http://gainstrong.net/works/hudong/



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