特征筛选
摘要:内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES)介导的蛋白质翻译起始机制作为一种非帽依赖的起始机制从发现起即受到关注,对它的研究与应用也随着时间不断深入。本文通过研究IRES序列与二级结构信息,筛选出IRES区别于一般非编码区序列的潜在特征(包括二级结构特征,序列一般特征和基序特征等),并利用SVM算法构建出了专门针对病毒与真核来源的IRES预测模型。随后构建相应数据集测试了预测效果并与现有预测软件进行了结果比较,有较好的效果提升。
关键词:生物信息学;非帽依赖翻译起始;基序;RNA二级结构;SVM
基金项目:高等学校博士学科点专项科研基金(20133218110016)
作者:何俊豪,宋晓峰
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