序
HTMD是一个HTMD基于Python的分子可编程环境,用于准备、处理、模拟、可视化和分析分子系统。用户使用HTMD可以在几行代码内完成非常复杂的协,且HTMD是开源的,所以你可以添加你自己的应用程序
由于其基于Python,其可视化及分析作图是其非常大的优势,可以很好地利用Python的作图功能进行动力学数据的分析作图,前面几篇文件主要介绍了其准备结构、构建体系和运动动力学。本文主要介绍蛋白折叠的动力学结果分析。
Protein folding analysis
#!/usr/bin/python3
# coding: utf-8
# In[1]:导入模块,开启视图
from htmd.ui import *
%pylab inline
# In[2]:过滤轨迹
sets = glob('datasets/*/')
sims = []
for s in sets:
fsims = simlist(glob(s + '/filtered/*/'), 'datasets/1/filtered/filtered.pdb')
sims = simmerge(sims, fsims)
# In[3]:计算metrics
metr = Metric(sims)
metr.set(MetricSelfDistance('protein and name CA', metric='contacts'))
data = metr.project()
# In[4]:设置时间步长
data.fstep = 0.1
# In[5]:绘制轨迹长度
data.plotTrajSizes()
# In[6]:删除不合适轨迹
data.dropTraj()
# In[7]:用TICA方法聚类轨迹
tica = TICA(data, 2, units='ns')
dataTica = tica.project(3)
# In[8]:Bootstrapping
dataBoot = dataTica.bootstrap(0.8)
# In[9]:聚类构象
dataBoot.cluster(MiniBatchKMeans(n_clusters=1000))
# In[10]:建立马尔科夫模型
model = Model(dataBoot)
# In[11]:绘制马尔科夫图形
model.plotTimescales()
# In[12]:获取25ns稳定轨迹
model.markovModel(25, 4, units='ns')
# In[13]:可视化每个状态的平衡属性
model.eqDistribution()
# In[14]:绘制自由能面
model.plotFES(0, 1, temperature=360)
# In[15]:绘制自由能面
model.plotFES(0, 1, temperature=360, states=True)
# In[16]:可视化轨迹
from htmd.config import config
config(viewer='ngl')
model.viewStates(protein=True)
# In[17]:计算动力学并定量化
kin = Kinetics(model, temperature=360)
print(kin.source)
print(kin.sink)
# In[18]:计算与源速率差值
r = kin.getRates()
print(r)
# In[19]:绘制所有状态的自由能和平均值图形
kin.plotRates()
# In[20]:绘制FluxPathways
kin.plotFluxPathways()
参考资料
1.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/introduction.html
2.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/building.html
3.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/running.html
4.https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/analysing.html
5.http://gainstrong.net/works/hudong/
(一)基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装
(二)初学ACEMD:HTMD入门使用指南
(三)ACEMD之利用HTMD建立蛋白-配体系统
(四)ACEMD入门:利用HTMD可视化分子和动力学轨迹
(五)ACEMD入门:利用HTMD进行(MD)项目实践
(六)ACEMD之利用HTMD准备蛋白
(七)ACEMD之利用HTMD构建膜蛋白体系
(八)ACEMD之利用HTMD进行蛋白动力学模拟
(九)ACEMD之利用HTMD进行配体结合分析
Copyright © 2023 All Rights Reserved 版权所有 福建水产设备联盟