今天与大家分享一篇发表在PNAS上的文章“Revealing nascent proteomics in signaling pathways and cell differentiation”。文章的通讯作者是来自美国加州大学旧金山分校的Alma L. Burlingame教授及Davide Ruggero教授，他们分别专注于质谱新技术开发及细胞中蛋白生成研究。
蛋白合成方面的研究，尤其是新生蛋白的定量研究，对于理解细胞对于外界刺激的响应及细胞状态的变化非常重要。现在已经开发的基于SILAC（Stable isotope labeling with amino acids in cell culture）技术及非天然氨基酸标记技术BONCAT（bioorthogonal noncanonical amino acid tagging）的方法可以用于检测新生蛋白质及整体蛋白生成状况。然而，因为需要包含特殊氨基酸的培养基，因此在需要进行原代细胞、细胞分化等方面的研究时，SILAC及BONCAT技术还是受到限制。
Alma L. Burlingame教授及Davide Ruggero教授合作开发了一种称为OPP-ID（OPP-mediated identification）技术，用以弥补先前方法的不足。具体来说，他们利用可透膜的OPP（O-propargylpuromycin）来模拟tyrosine-tRNA，进而会被核糖体连接在新生肽段的碳端，并终止肽段延长过程。进而他们就可以利用OPP的炔基进行生物正交反应连接上生物素从而可以被富集并进行鉴定。
他们首先检测了他们方法与现有方法（BONCAT）的重合度，进而利用这个技术研究了mTOR抑制剂处理的细胞以及红系祖细胞分化两种情况下的新生蛋白质组。
他们的方法不仅弥补了现有新生蛋白质组学方法在原代细胞、细胞分化等方面研究的不足，而且可以实现对于生物应激的即时研究，是组学层面研究新生蛋白的一个好工具。
文章链接:
http://www.pnas.org/content/115/10/2353
文章引用：
DOI: 10.1073/pnas.1707514115
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