如何预测蛋白互作关系

2023-05-10 14:56:27

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在分子机制的研究中，蛋白与蛋白之间的互作可以称得上是非常经典实验。在进行蛋白功能研究时，寻找蛋白质之间的互作是比不缺少的一步。那么如何查询与预测蛋白质之间的互作呢？下面介绍一个预测蛋白质之间互作的网站-STRING,网址：http://www.string-db.org。

打开主页，在主页左侧栏显示搜索方式。比如输入一种蛋白质的名称或者序列，寻找与蛋白互作的其他蛋白；或者同时输入几种蛋白#A、#B、#C，搜索他们三者之间可能互作关系。当然，你也可以输入蛋白质家族进行查询。

举个栗子，在搜索栏输进基因名称：BCL2，然后选择想要研究的种属。

首先看到BCL2与其他蛋白质之间的互作网络。可以通过点击蛋白名称的小球，比如TP53，来查看该TP53蛋白的基本介绍和所包含功能域的三维结构。

连接小球之间线条的颜色，表示蛋白之间互作的可信程度:蓝色是从专业数据库获得；紫色表示有相关实验证实；绿色呢，可能提示是基因位置临近蛋白……点击任意一条线条，可以看到两种蛋白之间互作的详细情况。

显示结果太复杂，看的眼花缭乱？那可以通过限定显示内容来解决。点击Data settings,可以选择只搜索数据库内容或者实验证实的互作关系。

点击Table/exports,可以输出互作结果。

5．当然啦，如果想要继续深究蛋白互作关系是如何证实的，点击Evidence,查看蛋白质互作证实实验类型。

本文作者：lemon

蛋白质互作预测网站呢，旨在提供蛋白质互作的已经验证或者推测可能的互作，提供一种参考，接下来的任务是通过实验来证实，比如经典的蛋白互作实验包括：酵母双杂交实验，免疫共沉淀实验，GST-pulldown实验。

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