非编码RNA和蛋白互作研究,原来也有套路

2023-05-10 14:56:27

做了蛋白质组学，大量的差异表达蛋白无从下手？发现了一个有意思的蛋白想关联一下lncRNA研究？

（1）非编码RNA和RBP蛋白的互作

RBP蛋白就是RNA Binding protein，LncRNA和蛋白片段相互结合，好不好做机制研究呢？小概率事件还是广泛存在于每个蛋白或者每个lncRNA上，这是一个值得去探索的问题，事实上蛋白和lncRNA互作要比咱们想象得广泛许多。比较经典的发现RBP蛋白的技术有iCLIP,PAR-CLIP 以及eCLIP。

我们所知道某lncRNA已被验证过的分子机制，往往只是其机制之1，另外的2、3、4、5、6的机制有待挖掘，例如HOTAIR在不同细胞中发挥着组蛋白甲基化调控、DNA启动子区甲基化、蛋白质泛素化抑制等作用。

据实验技术检测以及结构序列预测，多达2800个lncRNA和12000个蛋白有互作，这种互作非常广泛

（2）lncRNA和蛋白质结合的意义

那么lncRNA和蛋白质互作都有何种作用呢？

①lncRNA对蛋白质进行表观遗传修饰，例如乙酰化、泛素化、磷酸化等；

②蛋白质影响lncRNA的降解速度；

③蛋白质介导了lncRNA的胞内定位；

④lncRNA介导了蛋白质的核内定位；

⑤lncRNA影响蛋白质的三维结构；

（3）lncRNA蛋白互作研究思路

有没有不花钱的方法呢？

有是有，例如

①lncpro，http://bioinfo.bjmu.edu.cn/lncpro/

②catRAPID，http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group

这个网站就是基于HITS-CLIP实验技术构建的预测网站，但是但是但是

进不去，进不去，进不去！试试各路吧！

好吧不花钱的方法果然有各种阻力，最靠谱的莫过于花钱做实验了！

CLIP-seq：鉴定与特定RNA结合蛋白相互作用的RNA 分子

CLIP-seq也被称为HITS-CLIP，是将紫外交联免疫共沉淀技术(CLIP)与高通量测序技术相结合的技术。

大概流程为：首先通过紫外照射将细胞内的RNA分子与RNA结合蛋白进行耦联；细胞裂解，免疫共沉淀，核酸酶(RNase)将共沉淀的RNA切割，只保留蛋白质内部的RNA片段；通过5'末端放射性标记RNA分子及SDS-PAGE电泳，选择性地回收目的蛋白结合的RNA片段；最后高通量测序。其可以衍生了许多变异的CLIP-seq方法，例如增强了交联强度的PAR-CLIP和能够精确鉴定RNA分子中蛋白质结合位点的iCLIP等。

（4）最新SCI文章介绍

期刊：The Journal of Clinical Investigation

影响因子：13分

时间：2017-11-20

文章讲解：lncRNA在乳腺癌脑转移（BCBM）中差异表达分析→lncRNA和乳腺癌脑转移（BCBM）预后相关→动物模型中lnc-BM的上调表达促进了乳腺癌细胞的脑部转移→分子机制研究发现信号通路JAK/STAT3通路被激活→具体是lnc-BM结合了JAK2→介导了STAT3的磷酸化过程→表达CCL2，肿瘤微环境，招募了巨噬细胞促进脑转移