#数据库#HPRD:人类蛋白质互作数据库

2023-05-10 14:56:27

HPRD(Human Protein Reference Database) http://www.hprd.org/人类蛋白质交互数据库，是一个整合并描述人类蛋白质结构域、翻译后修饰、互作网络和疾病相关的可视化的平台。

HPRD中的数据都是生物学家从已发表的文献数据中人工提取的，该数据库是一个开源的web应用程序服务器，提供多种查询功能，并且可动态展示数据。用户可通过主页面的FAQs进一步了解该数据库。

打开HPRD的首页，所见页面如图1：

图1
左侧一列是用户可进行的操作，右侧上部分与左侧相同，是HPRD中相对比较重要的数据连接，右侧下部分为HPRD中所含数据量大小，该数据库中有30047个蛋白质，41327个蛋白质-蛋白质互作关系对。

下面我们依次按照左侧栏讲解HPRD的使用：

图2

点击左侧第一个链接Query，则出现图2所示页面，每一个输入框被点击时，会出现相应的输入提示和举例，用户只需输入自己想查询的蛋白质名称或者相关的编号，或者相关结构等，即可进行查询。

这是很人性化的一种设计。在Accession Number部分，有一个下拉菜单，用户可自行选择数据库，输入该数据库中某蛋白质的编号进行数据查询（注意：数据库与编号一定要对应）。

图3

点击Browse链接，出现图3所示数据页面，这里包含5中数据，即：蛋白质的分子类型、蛋白质结构域、蛋白质基序、蛋白质修饰类型以及蛋白质的定位。用户可点击分子进一步查看该分子的详细信息。

图4

如图4所示的download页面，用户可根据需要下载File name列下的5种文件包。Release9包含制表符分隔的蛋白质-蛋白质互作数据；

FLAT_FILES包含HPRD中蛋白质的全部信息，如：转录后修饰、组织表达、亚细胞定位等，且是制表符分隔的数据；XML也包含蛋白质的全部信息；

PSIMI只包含HPRD中全部的蛋白质-蛋白质互作信息，是PSI-MI格式；SINGLE_PSIMI包含的是单个XML可多行索引的全

部的蛋白质-蛋白质互作信息。用户填写好自己的信息和所要下载的数据（上述5种文件包），提交经审核后可收到邮件，即可下载到你想要的数据。