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轻轻松松搞定蛋白互作网络关系图~

天科生物 2019-02-10 13:55:49

作者:小美      编辑/美工:静兄

人类有2万多个蛋白质编码基因,虽然早在十年前,人类全基因组计划就已经完成,但是作为人类基因组计划的延伸,蛋白质组学正在致力揭示蛋白质是如何执行由生成它们的基因所编码的过程的。来自哈佛医学院的科学家们正在为我们讲述一个更大的、有关构成人类“互作组”的相关蛋白的复合物及蛋白质簇的故事。

由Wade Harper和Steven Gygi领导的研究小组,已开始着手捕获及编写人类蛋白质组中所有蛋白质复合物的目录,构建一张他们称作为BioPlex网络的图谱,以试图就像我们通过了解某个人的朋友及往来的对象来认识他一样,阐明细胞中哪些蛋白质与另外哪些蛋白质相关,蛋白互作网络关系图也是这个作用啦。现在,小编就来向大家介绍一款绘制蛋白互作网络关系图的软件——Cytoscape。



Cytoscapehttp://www.cytoscape.org/)的核心是网络简单的网络图包括节点(node)和边(edge),每个节点可以是基因、miNRA或OTU等等节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用包括蛋白与蛋白相互作用(pp),DNA与蛋白相互作用(pd)等。


Cytoscape软件的功能主要是网络图的展示,我们所需要的绘图数据可以从比较常用数据库进行提取,如参考蛋白互作网络数据库string(http://string-db.org/)等。


提取完蛋白互作网络数据,我们就可以利用Cytoscape绘制差异表达基因的蛋白互作网络关系图啦~

安装完程序之后,软件的操作界面就是下面这个样子:



打开Cytoscape软件,根据File ----> Import ----> Network ----> File…

导入*.sif 或者*.txt

会弹出导入文件的对话框如下:




如果是*.sif格式文件,选中文件直接单击“打开”

②如果是*.txt格式文件,选中文件直接单击“打开”后会出现如下对话框,在对话框中进行设置,(1)SourceInteraction:源互作节点;(2)TargetInteraction:目标互作节点;(3)InteractionType: 互作类型;(4)单击“ok”。

 

导入差异表达基因的蛋白互作网络数据后,就能生成如下网络互作图:



你也可以根据自己的喜好调整网络图:

①自动调整网络形状

点击菜单栏“Layout”,选择合适的输出层展示方式进行图形调整;



如:上调经过Layout---->yFilesLayouts---->Circular,图形调整如下:




②节点颜色、形状、标签等调整

点击控制面板“Style” ---->Fill Color:设置节点颜色,弹出如下窗口:



如:上图选用基因表达量的差异倍数值来调整颜色,其中绿红色节点表示表达量上调基因,绿色节点表示表达量下调基因,白色节点表示非差异表达基因。


同理,可以根据相应的属性值进行节点形状、标签等其他的调整。也可以通过鼠标选中节点进行节点在网络图中位置的调整。

 

最终生成的网络图:


调整完网络图之后呢,就可以通过File ----> Export ---->选择合适的格式输出文件。

 

有关Cytoscape的基础操作就介绍到这里,后期会陆续推送更多高级分析插件哦,敬请关注!!!