【重磅回归-数据挖掘专题八】STRING——蛋白互作

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有些小伙伴还不知道之前发生了什么？小编已经为大家整理好啦！

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【数据挖掘专题四】寻找差异表达的基因

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【数据挖掘最后一弹】【精华汇总】--数据挖掘的流程

我们很多时候看文献，都会被文献中那些高大上的图所深深折服，不禁感叹自己何时也能做出这样的图。其实在我们数据挖掘过程中，也会涉及很多形形色色的图，比如热图、火山图、KEGG通路图。

今天这一节，小编给大家介绍一个在线的工具——STRING

（http://www.string-db.org/），它主要的功能是负责反映蛋白之间互相作用，而我们可以通过建立这种蛋白间的网络关系，很清楚就能发现各个蛋白在网络中的位置，同时也可以通过后续的方法找到网络中核心的蛋白。值得一提的是，最后生成的这张蛋白互作的网络图非常高大上。

首先，打开链接，界面如下。

这里，我们点击右侧的Multiple proteins, 把我们之前得到的差异基因复制黏贴到图中的空白框，并在Organism中选择自己蛋白的物种来源，这里我们的蛋白来自于人类。

下一步系统会根据我们输入的蛋白的名称会自动找到匹配率最高的蛋白，默认情况下都是我们所需要的蛋白。

大家注意下minimum required interaction score，这里大家可以通过选择不同的阈值来建立蛋白与蛋白之间的联系，阈值越低，联系则越多，反之，越少。

由于我们输入的蛋白有些不存在联系，以孤立的形式呈现在图中，这时我们可以在视图设置这一块中选择hide disconnected nodes in the network，这样就可以滤过一些单个存在的蛋白。

最后结果的输出，大家只要下载下图中红线所标的两项。

好了，我们打开下载在桌面的两个文件。是不是很高大上？？？

上面这张表格是对蛋白之间的相互作用进行一个打分，最后再给出一个综合的分数，分值越高，则蛋白之间的相互作用越紧密。那如何通过这张图或这张表格找到我们的核心基因或核心蛋白呢？哈哈哈，请听下回分解！

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