【质谱小课堂二期】蛋白质鉴定的那些问题!

2023-05-10 14:56:27

今天的“质谱小课堂”会为大家带来两个在质谱鉴定中经常会遇到的问题，希望对各位的质谱研究有所助益。


—— 问题一：鉴定到的蛋白质与实际凝胶电泳图谱中相比估测分子量差异很大的原因？或者为什么SDS-PAGE胶上不同位置条带的质谱鉴定结果中含有同种蛋白质？


——各位客官你们怎么看？


小编回复：由于体内或者体外因素，导致同一蛋白质会存在不同形式的修饰、剪切或者降解，从而形成凝胶电泳图中能够看到的存在差异分子量的蛋白质条带。然而这些蛋白质在质谱鉴定时会同时指向数据库中同一个、全长的、无修饰的蛋白质理论序列。因此会出现凝胶电泳图中的蛋白质分子量（实际分子量）与鉴定的蛋白质分子量（理论分子量）不同的情况。




—— 问题二：通过western blot检测到的蛋白质，为什么质谱没有检测到，没有检测到，没有检测到？


其实前者“没有检测到”是大多时候发生的事情，很多老师都会带着委屈向我们投诉，为什么你们鉴定不到啊？我都抗到了！其实我们很能够理解各位老师的心情，辛辛苦苦做了老半天的实验，就想用这个质谱仪器鉴定一下，偏偏给出的结果里没有。但我们也只是能给与精神上的理解，我们对实际结果也毫无办法，我们改变不了质谱仪那尊大神的意志。我们也想敲开质谱大神的脑袋，直接把您的目的蛋白塞进去，可臣妾做不到啊！


小编回复：Western  blot 检测是将目的蛋白质信号放大很多级之后进行检测的，灵敏度很高，（除非特异性结合之外）几乎不受复杂样品中背景蛋白质丰度的影响。对于纯蛋白质样品，质谱检测的灵敏度达fmol水平。但在复杂样品中，不同种类的蛋白质浓度动态范围较宽，而目前质谱检测的动态范围一般在3-4个数量级。样品中丰度较高的蛋白质优先、多次被检测到，而丰度较低的蛋白质则因为肽段信号过弱被淹没而不能被检测到。因此，如果样品中待检测的目标蛋白质丰度较低，即使WB能够检测到，质谱并不一定能检测到或者仅能检测到较少的肽段数。


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