您还在用质谱做蛋白差异表达谱?
2023-05-18 23:00:13
传统的质谱法，无法定量蛋白，无法直接检测出低丰度蛋白，而且经典的Bowtie，BWA等序列比对算法会丢失大量本可以比对上的序列，而造成严重的mRNA定量错误。
通过翻译组测序与分析，可以突破性的解决以上缺陷！详情：
质谱缺陷一：无法定量蛋白，或定量蛋白质数量少
解决方案：翻译组测序能在较低的测序通量下，定量上万个正在翻译的mRNA（已合并剪接变体），远远超过了普通蛋白质组学单一酶解SILAC质谱定量的蛋白质数量（约3000个蛋白质）。
A. 以A549肺癌细胞为例，翻译组测序定量近12000个基因，而蛋白质SILAC质谱只能定量2934个基因。
质谱缺陷二：无法直接检测出低丰度蛋白。
解决方案：翻译组学可以推算绝大部分的蛋白种类，尤其是低丰度蛋白，可以直接检出并精准定量，一次可分析上万个差异表达。
质谱缺陷三：经典的Bowtie，BWA等序列比对算法会丢失大量本可以比对上的序列，而造成严重的mRNA定量错误。
解决方案：翻译组研究使用超高精度FANSe2算法进行数据分析，在文章《Translating mRNAs strongly correlate to proteins in a multivariatemanner and their translation ratios are phenotype specific》中，使用了目前世界上最高精度的高速序列比对算法FANSe来进行测序数据分析，在较低的测序通量下，在每个细胞系中以前所未有的精度和置信度定量正在翻译的mRNA（已合并剪接变体）。
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