【组学专栏】蛋白质组学定性技术详解,只能帮你到这里!

点击上面蓝字↑↑↑关注【解螺旋】

——日读一帖，解螺旋大V团队伴你科研路

作者：解螺旋.APT

解螺旋出品，转载须经授权

【组学专栏】第四讲

基于质谱的蛋白质组学定性技术介绍

前言

　　之前我们一直告诉大家，基于质谱的蛋白质组学可高大上了：一次实验能够输出上千级别的数据量；能够更好的区分蛋白质的亚型及修饰变化；不受抗体的限制...学以致用，今天就给大家上蛋白质组学定性技术实际应用的介绍！

　　蛋白质定性分析是什么？其实就是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。质谱技术具有较好的灵敏度、分辨率、准确度，随着质谱技术的不断发展和成熟，利用质谱法进行蛋白质定性分析愈来愈广泛！

　　完整的全长蛋白如何定性？电泳条带中的蛋白又如何呢？相应的，蛋白质定性分析可以被分为两种策略：

　　(1) top-down分析策略：完整的全长蛋白质经过离子化后进入质量分析器，通过测定蛋白质离子质量和串联质谱分析鉴定蛋白质序列。

　　(2) bottom-up分析策略：存在于溶液或者凝胶电泳条带中的蛋白质经过蛋白酶（如胰蛋白酶）酶解消化成较小肽段片段，这些肽段再进入质量分析器。最后通过肽指纹图谱或者串联质谱法进行肽段鉴定，该方法是通过对肽段序列的鉴定推断蛋白质序列。

　　目前，bottom-up分析策略被更广泛的应用于蛋白质定性分析工作。

• 蛋白质全谱分析

　　蛋白质全谱分析指的是组分分析，研究对象是完整的组织、体液或其提取物，其目的在于鉴定出尽可能多的肽和蛋白质分子。

• 技术原理

　　将溶液内蛋白质分子或SDS-PAGE条带的复杂混合物酶解成肽段混合物，通过液相色谱分离，如2D-LC（阳离子柱SCX和C18反相柱串联）或1D-LC的C18反相柱。串联质谱测试，最后用相应的数据库进行检索匹配，可同时鉴定成百上千种蛋白质。

• 蛋白质胶条/混合液分析

　　利用LC-ESI-MS/MS蛋白鉴定技术对胶条样本（即SDS-PAGE样本）、IP、co-IP、Pull-down等纯化溶液等中等复杂样本进行蛋白鉴定。

• 蛋白质胶点分析

　　利用MALDI-TOF/TOF蛋白鉴定技术对考/银染的2D或DIGE胶点样本或者较纯的蛋白样本进行蛋白鉴定。

• 技术路线

• 生物信息分析

• 样本要求

• 质谱仪器

【组学专栏】往期回顾：

回复关键字378：蛋白质组学研究技术大全（科普篇）

回复关键字385：如何应用蛋白质组学技术进行肿瘤研究思路设计

回复关键字392：糖尿病怎么玩蛋白质组学？

---

6月资源包

• Western Blot灰度扫描软件：Image J+AlphaEaseFC

• 2015和2014影响因子集excel比较版

　　我们精心为小伙伴们准备了6月资源包，有需要的小伙伴，请向解螺旋微信小编（微信号：helixlife9）索取下载链接！

　　回复“目录”获得解螺旋书单，仔细品读解螺旋历史文章！

---

解螺旋专栏项目，每周定期发布：

每周一：【CNS专栏】

每周二：【肿瘤专栏】

每周三：【组学专栏】

每周四：【SCI专栏】

每周五：【信号通路专栏】

每周六：【轻松一刻】【心情感悟】

每周日：【实验工具专栏】

持续关注解螺旋，看专栏文章，精彩从未间断···

---

解螺旋周末培训正接受报名的课程

（一）线下培训：生物信息学课程（南京班）（7.4-7.5）

（二）线下培训：SCI写作与投稿（北京班）（7.4-7.5）

详细课程信息请点击本文左下角阅读原文查看