蛋白和蛋白间的互作网络,你做好了吗?

2023-05-10 14:56:27

相信很多人在做蛋白分析的时候,经常被蛋白与蛋白间的互作网络所烦恼,那今天,我们就来给大家介绍一个神器,帮助大家能简单快捷地完成蛋白与蛋白互作网络。

这个软件是STRING。STRING本身就收录了2031个物种,9.6 Million个蛋白和1380 Million种相互作用。出来能进行蛋白-蛋白间互作网络外,这个数据库还能用来查找关注的蛋白的调控因子,共表达,基因组共线性,物种共存在,文本挖掘,实验验证信息等等,是一个对科研人员来说十分实用的数据库。

网址:https://string-db.org/

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我们直接点击SEACH,进行搜索自己想要查找的蛋白质。

可以按蛋白名字搜索,也可以按序列搜索,都可以输入多个或多条,也可以按照蛋白家族或者物种浏览。

那我们就以trpA为例进行说明一下吧~

这是搜索出来的结果。每个点代表一个蛋白,他们都是可以进行拖动的。

点击其中一个蛋白,我们可以查看其详细注释信息, 结构信息 ,功能域信息,序列信息,同源基因,还能以此基因为核心重构网络(与其相互作用最强的基因的网络展示)等。

由下边的图例解释说明可见,不同颜色的线代表相互作用确定的依据,有基于认证过的数据库,实验验证,基因邻近,共表达,同源推测,文本挖掘等。如果关联的蛋白很多的情况下,我们还能直接通过点的颜色,直接找到相关蛋白。

同时,我们还可以进行筛选,调整线型的含义,相互作用的数目,数据来源,可信度筛选, 互作点数目限制等的不同操作。

 

面对这么多的基因,我们当然希望能做个功能富集分析,这样就能更加直接地看到每个蛋白的功能、偏好性等等的信息。我们也可以直接点击“Analysis”进行选择分析。

最后的结果跟直接看基因也比较相似,一部分是激酶,与蛋白修饰相关,一部分是剪接复合体,与剪接相关。如果是KEGG富集的结果,那就更加直接了,各种癌症,我们可以直接导出结果进行作图。


今天的介绍就到这里了,希望能帮到大家喔~




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