蛋白分子序列设计中的“小肉肉”

2023-05-10 14:56:27

“小肉肉”这个词真得是相当肉麻与不害臊了,对于无忌这种含蓄的人来说,很难保持平静。

想起这个词,是前段时间看了黄渤的一部电影《杀生》,看里面王迅的一个经典片段,对此留下了难以磨灭的印象。不知有看过得没?

这里用这个词略不合适,无忌想要突出的重点是目的蛋白的分子设计中,需要注意的小细节——令人发麻的“小肉肉”。

一个目的蛋白经原核表达系统或是真核表达系统去诱导表达,都是要从DNA开始,经转录翻译等过程。

经过一系列操作,设计得到目的蛋白的DNA序列,交给公司合成,其中需要注意的点,无忌用师弟刚刚设计的一个分子作为例子。拿师弟忽略的一个点装逼是小事,不要放在心上,主要是看哪些地方应该注意。

1:目的基因的开始和结尾需要分别添加起始密码子ATG和终止密码子TAG,之外加限制性酶切位点与保护碱基。

2:限制性酶切位点的识别区域不能在目的基因内部,如果存在两个酶切位点识别区域,需要根据密码子的简并性替换掉,替换时需要注意阅读框——从ATG开始,直到更改处,密码子都是3的倍数。

3: 起始密码子和终止密码子可以隐含到要引入的限制性酶切位点内,也就是说,限制性酶切位点与起始密码子和终止密码子接触的部位有碱基重叠,就可以用共有的。

4:如果后期纯化蛋白,需要添加一些标签,可以利用质粒表达载体上含有的标签,比如His标签,可以用XhoI这个酶切位点,因为这个酶切位点不用在目的基因内引入6个His的基因,载体上会有。但有一个问题是,这样可能要引入一些不需要的氨基酸,有时为了借助载体上的标签,忽略掉这个问题,略不严谨。

蛋白分子序列设计中的“小肉肉”也就这么几点了。怎么筛选目的基因内的限制性酶切位点可用引物设计软件-primer,怎么用这个软件是“大肉肉”,它的套路网上有教材。

这次就说到这里。

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