小G老师
各位同学好！欢迎再一次来到小G老师大讲堂！
小美
小G老师，前两天我做了一次蛋白质组的质谱鉴定，结果没有发现我关注的蛋白质，好失落，好心塞！
小G老师
哦？小美，你鉴定的是什么类型的样本，一共鉴定到多少蛋白质？
小美
小G老师，我鉴定的是从人源肝脏组织里提取出来的蛋白质，一共鉴定到2600蛋白质。
小G老师
嗯，我想问题应该就在这里了，你鉴定到的蛋白质数量太少了。作为人源肝脏这一类样本来说，只鉴定到2600，实在是太少了。
小G老师
本身细胞或者组织中的蛋白质数量会远大于2600，鉴定到的蛋白质数量少，必然导致我们会错过很多很重要的蛋白质组信息，并且在质谱检测系统中，对于丰度相对较高的蛋白质具有倾向性，上次我们就提到过就像远处走来姚明和潘长江，我们会首先看见姚明一样，而通常我们在生理机制的研究中往往重点关注的具有重要生物学功能的调控蛋白质比方说转录因子等都是丰度相对较低的蛋白质，这样的话我们就可以推算出来，如果不做改进，你样本中的重要信息很多都已经错漏了。
小美
(⊙o⊙)…，那应该怎么办呢？怎么才能提高鉴定数量呢？
小G老师
小美，在开展质谱分析之前，你对样本做过分级处理么？
小美
什么是分级处理？我没有做过。
小G老师
质谱分析之前对样本进行分级处理是目前非常主流的提高蛋白质鉴定数量的方法。
小G老师
液相分级是结合不同的色谱柱和流动相使得样本中的肽段在色谱系统中的保留时间不同，从而对样本中的肽段进行区分和分离的方法。
小G老师
小G老师
经过长时间的发展，液相分级的方法也已经有了很多种类：
小G老师
在蛋白质组分析鉴定中，最常用的还是high PH RP(high PH Reversed-phase，高PH反相液相色谱技术)以及SCX(Strong cation exchange,强阳离子交换色谱技术)。
小G老师
high PH RP技术可以在高PH缓冲液条件下因为肽段疏水性程度不同对样本中的肽段进行分离。SCX则可以根据样本中肽段的带电荷状态不同进行分离。
小G老师
这两种分级技术均能显著提升蛋白质鉴定数量。
小G老师
目前常规的iTRAQ分析是选取high PH RP或者SCX技术与后续的LC-MS/MS分析系统偶联，形成2D LC-MS/MS分析，当然也有对蛋白质组覆盖深度要求非常高的研究人员，他们会将high PH RP与SCX技术技术偶联起来，然后再与后续的LC-MS/MS结合，形成3D LC-MS/MS分析系统。
小G老师
总而言之，要想深度挖掘蛋白质组数据，就一定要结合分级技术啊！
小G老师
各位同学，今天的小G老师大讲堂就先到这里，我们下期再见！
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