深度解析肿瘤精准细胞免疫治疗!

精准医疗（Precision medicine）作为一种全新的医学概念与医疗模式，已日益在恶性肿瘤临床治疗中显示其价值。精准细胞免疫治疗（Precision Cell Immunotherapy, PCIT）是基于肿瘤患者基因检测，筛选可引起强烈免疫反应的新抗原（neo-antigen），并进而寻找并富集针对新抗原的精准T细胞（Precision T cell for Neo-Antigen，我们简称为PNA-T），扩增后回输患者的治疗新策略。相对于其它精准医疗治疗方式，精准细胞免疫治疗具有独特的比较优势，有望成为中国肿瘤精准医疗的重要突破口。本文围绕肿瘤精准免疫细胞治疗面临的机遇与挑战，从概念、特点、流程、技术难点等方面进行了详细阐述，并对比了其与转基因CAR-T细胞技术（Chimeric Antigen Receptor, CAR）的异同，勾勒出精准细胞免疫治疗的美好蓝图。

精准医疗是通过基因组、蛋白质组等组学技术和医学前沿技术，对疾病进行精细分类及精确诊断，从而对疾病和特定患者进行个性化精准治疗的新型医学概念与医疗模式[1]。

2011年，在 “人类基因组计划”完成近10年后，这一概念由美国著名基因组学家Maynard V. Olson博士在其参与起草的美国国家智库报告《走向精准医疗》中首次提出。

精准医疗模式集合了诸多现代医学科技发展的知识与技术体系，体现了医学科学发展趋势，也代表了临床实践发展的方向，将带来一场新的医疗革命并将深刻影响未来医疗模式。正是基于此考虑，2015年1月20日，美国总统奥巴马在白宫高调宣布启动“精准医疗”研究计划，拟通过分析100万名志愿者的基因信息，研究遗传性变异在疾病发生发展中的作用，了解疾病治疗的分子基础，为药物研发与患者“精准治疗”明确方向，以推动个性化医疗的发展，并希望以此“引领一个医学新时代”。

在美国提出的精准医疗计划中，恶性肿瘤的精准医疗是“重中之重”，美国国立卫生研究院下设的国家癌症研究所将受重点资助，开展解码肿瘤基因及开发肿瘤精准治疗新方法的研究。那么，为什么要从肿瘤着手开展精准医疗计划呢？诚然，这与当前日趋严峻的肿瘤防治形势相关，另一个重要的原因是提升肿瘤疗效的迫切需求。

众所周知，肿瘤本质上是一种由一系列基因变异的积累导致的复杂遗传疾病，这意味着肿瘤的基因组是动态变化的、且存在高度异质性，不同的疾病进展阶段以及不同的肿瘤细胞可能携带不同的变异信息，从而对以大规模人群为基础开发和测试药物的治疗模式构成颠覆性挑战。据一项覆盖了9个国家和地区，1217例病人的泛亚洲科研显示：没有基因检测鉴定相关的靶标却接受了靶向治疗，死亡风险将增加185% [2]。而基于新一代测序技术能够无假设、高分辨率地分析基因组，获知这些不同的变异信息，能为制定更具针对性和有效性的防治措施提供准确依据，指导医生对患者采取个性化用药。基于上述原因，精准医疗模式已然成为癌症治疗刻不容缓的任务，是恶性肿瘤治疗的大势所趋。

在具体操作中，肿瘤精准医疗通常可划分为以下三部曲：基因检测、大数据分析和用药指导。

第一步，基因检测是患者变异信息的获知过程，如通过高通量测序方法获得肿瘤单核苷酸有义突变、拷贝数变异、基因移位和融合基因等海量基因变异信息，该环节相关检测技术的精确性及所检测对象（如肿瘤组织标本）所反映信息的全面性是关键。

第二步，大数据分析是相关变异信息的解码与提炼过程，即从海量的组学数据中抽丝剥茧、去粗存精，提取有价值信息，发挥前后两个环节之间承上启下的作用，该环节相应分析模型与分析方法的精确性是关键；

第三步，用药指导是以大数据分析结果作为参考，制定因人因病而异的治疗方案的过程，而治疗的结果也可以反馈到第一个环节，通过新的环路保证治疗能随病情的变化而做出相应的调整。候选药物可涵盖所有类型恶性肿瘤临床用药，甚至用于其它疾病治疗的药物。该环节中，可供选择的治疗药物的丰富度直接关系到实施精准医疗治疗的成败。

人类的免疫系统具有高度的特异性，能正确区分正常和恶性细胞，能以高度的敏感性和特异性识别“非自我的”分子或细胞，功能正常的T淋巴细胞能通过其细胞表面TCR受体（T cell Receptor）正确识别肿瘤细胞中“非自我”改变，清除肿瘤细胞。因而，从这个意义上说，通过激活、修复、改构、甚至重建患者抗肿瘤免疫细胞反应的治疗方法，尤其肿瘤细胞免疫治疗，天然具有精准治疗的特征。通过激活患者体内残存肿瘤特异性T细胞的治疗方式，已被证实具有良好的临床疗效[3-8]。更值得庆幸的是，不同T细胞所携带的TCR受体千差万别，具有高度的多样性，为实施针对不同肿瘤变异信息的精准医疗提供了足够的广度。而且，免疫细胞来源于患者自体，作为一种“活的药物”，具有自主性与自我适应能力，能有效缩短开发时间[9]。因而，精准细胞免疫治疗（Precision Cell Immunotherapy, PCIT）有望成为肿瘤精准医疗的一个重要突破口。

*CTC：循环肿瘤细胞（circulating tumor cell，CTC）；ctDNA：循环肿瘤DNA（circulating tumor DNA, ctDNA）；MHC：主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex, MHC）；PNA-T：新抗原特异性精准T细胞（Precision T cell for Neoantigen）

1. 基因检测：高通量基因检测手段获取患者的癌细胞特有的基因变异信息（包括突变、融合基因等），从中筛选出能高效激活免疫反应的肿瘤特异性抗原--新抗原（neo-antigens），这种新抗原可以来自细胞核、细胞质、细胞膜任何位置；

2. 免疫靶点的筛选：根据患者的主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex, MHC）分型，寻找能引发强烈免疫的新表位（neo-epitopes）；

3. 寻找并富集针对新抗原表位的PNA-T细胞：主要通过负载新表位的树突状细胞（Dendritic cells, DC）刺激、标记后的MHC-新表位耦联体流式/磁珠分选富集PNA-T细胞或克隆PNA-T细胞的TCR基因，通过转基因修饰手段快速获得转基因PNA-T细胞；

虽然肿瘤精准细胞免疫治疗是一个新概念，但该领域内研究者已进行了一些探索研究[10，11]。2013年，Rosenberg领导的团队率先采用外显子测序技术，鉴别在患者中表达的突变蛋白，并用一种MHC分子-抗原表位亲和力算法进行模拟预测评估，进而合成候选的抗原表位，开展免疫反应验证。通过此方法，研究人员能快速鉴别出了在患者肿瘤细胞上表达，能被肿瘤浸润淋巴细胞（Tumor-Infiltrating Lymphocytes，TIL）识别的突变抗原[12]。

2014年，Rosenberg团队将该方法成功应用到临床，他们通过高深度外显子测序技术、免疫反应功能验证，筛选出一位转移性胆管癌患者的高频突变基因，并鉴定到其对应的TIL克隆，通过大量扩增该TIL克隆并实施回输治疗，使患者的病情得到有效控制[13]。

如前所述，免疫治疗的理想靶点具有区别于其它靶向治疗策略的特征：小分子靶向药物注重的是能有效干预对肿瘤细胞生长、侵袭、转移等细胞行为至关重要的基因及调控通路，而细胞免疫治疗的关注点是其能否有效地被免疫系统识别，引起有效的免疫反应。所以，同样从基因检测出发，精准细胞免疫治疗的侧重点具有其特殊性，目前仍有几大技术难题亟待解决。

1）方便快速地获取肿瘤患者的基因组变异信息

实际上，这是肿瘤基因检测所面临的共性问题。肿瘤基因检测最直接的对象是患者原代组织标本，但对于那些未进行过手术的肿瘤患者，肿瘤标本不易获取，而活检穿刺的技术虽已较为成熟，但患者接受度相对较低，尤其对那些已发生多处转移的患者。即便之前留有标本，但往往是几个月前甚至是几年前保存的局部标本，鉴于肿瘤基因组的动态性与异质性，它们反映的信息已经是过时的或者代表性不全。循环肿瘤细胞（circulating tumor cell，CTC）和循环肿瘤DNA（circulating tumor DNA, ctDNA）由肿瘤发生的各个部位释放入血，能良好的反映患者整体的肿瘤负荷、恶性程度、转移能力以及实时的基因突变信息[13, 14]。因而，选择CTC和ctDNA作为基因检测的样品来源，可以保证肿瘤治疗在取样信息上的全面精准，且与组织活检相比具有检查微创小、无放射性污染、经济等优点，并允许对治疗反应实时监测。

然而，如何获取高纯度的CTC细胞并进行基因测序，以及如何在外周血巨大噪音背景的情况下准确检测ctDNA是一项具有挑战的工作。笔者研究团队通过分离介质、抗体捕获、荧光扫描显微技术、激光显微捕获等整合技术平台可以高效获得纯的单个CTC细胞用于基因检测，同时开发了通过油滴PCR实现在一个油滴内单个CTC基因检测技术，以及利用纳米孔径的芯片进行ctDNA的肿瘤突变基因检测技术。发展类似于CAPP-Seq的超灵敏测序方法，可以实现100%检出2-4期NSCLC患者ctDNA，也可以50%检出1期NSCLC患者ctDNA，可以96%特异性检出等位基因突变，并将错误率降低至约0.02%水平。这类技术平台有望利用CTC和ctDNA进行外周血肿瘤基因的精准检测，为精准细胞免疫治疗提供可靠的检测依据。

2）快速准确地筛选免疫细胞治疗的适合靶点

在肿瘤表观遗传修饰变异尚无法被有效利用的现实条件下，细胞免疫治疗更多的着眼点是肿瘤基因组遗传变异，而只有那些能形成新的氨基酸序列且在肿瘤细胞中有效表达的变异信息才能被免疫有效识别。因而，通过外显子组测序探知肿瘤的基因组变异信息，通过RNA转录组测序确定发生变异的DNA的转录情况，是寻找适合免疫治疗新抗原（neo-antigens）的常规方法。获得一系列候选新抗原信息后，如何从中筛选出能被抗原提呈细胞有效提呈的抗原，即新表位（neo-epitopes）是至关重要的一步。通常的观点认为，能与MHC分子高效结合的抗原序列，能更好的形成MHC分子-抗原复合物，从而具备更高的机率被递呈到细胞表面，成为新抗原表位。因而，预测MHC分子与抗原的亲和力是该环节的关键要素。随着MHC分子的空间结构越来越清晰化准确化，多种MHC分子-抗原复合物的数学模型已被建立，通过计算机模拟运算能预估出每种抗原与MHC分子的亲和力数值。但鉴于MHC分子亚型的多样性，新抗原前后氨基酸序列以不同组合、不同长度形成表位的多样性，数据庞大，目前该预测方法仍不够成熟，假阳性或假阴性仍普遍存在，需要后续耗时耗力的验证工作。因而，MHC分子与抗原的亲和力的准确预估，仍有待于通过数据的不断积累，预测模型的不断优化。

3）高效寻找PNA-T细胞的TCR组学技术

肿瘤精准细胞免疫治疗最终的效应细胞是PNA-T细胞。然而，虽然正常人的TCR多样性巨大，但肿瘤患者经过长期的免疫编辑，或经过其它非特异性治疗策略处理后，其TCR组多样性较正常人明显降低，TCR多样性的降低预示着患者体内预留的识别特定表位的TCR丰富度降低，即使经过上述两个步骤成功寻找到合适的新抗原表位，但可能无法在患者体内找到与之对应的PNA-T细胞（除非通过转基因TCR-T技术实现），精准细胞免疫治疗仍将以失败告终。因而，除了对肿瘤变异信息进行高通量检测分析外，还需从免疫T细胞角度进行考量，通过高通量测序的方法评估肿瘤患者体内是否存留能对肿瘤抗原起反应的PNA-T细胞。目前，利用TCR组学高通量测序技术可以较为准确的获得患者的TCR多样性数据，可以看到肿瘤患者和正常人之间TCR多样性的差异，但由于TCR与表位的作用并不是一一对应关系的，即同一个TCR可以结合不同的表位，而同一个表位也可能被不同的TCR所识别，虽然它们之间亲和力会有所差异。而且TCR组库测序得到的是大量单独的α链和β链信息，这些α链和β链理论上可以通过不同的组合构成千差万别的TCR。因而，以目前的技术水平仍难以解析出哪个TCR-T细胞具有识别特定抗原表位的问题。

可以预想，如果通过技术进步以及抗原表位-TCR配对大数据的积累，能最终实现针对特定抗原表位，快速的鉴别出哪些T细胞携带的TCR基因能对其有效识别并发挥治疗作用，那么将大大缩短肿瘤免疫治疗的开发进程，为患者的治疗赢得宝贵的时间，并可以通过测序或数字PCR等手段检测体内这一群或者单个PNA-T细胞的克隆增殖情况，实时监测治疗的获益情况。笔者所在团队正致力于发展基于CTC和ctDNA为样本来源的肿瘤抗原测序技术以及TCR组库的测序技术，包括通过油滴技术实现高通量的单个T细胞的emusion-PCR测序，来获得α链和β链的匹配信息，以此打开筛选特定抗原反应性TCR受体的方便之门。

4）对新表位具有特异性的PNA-T细胞的富集与扩增

实施精准细胞免疫治疗的最后阶段是PNA-T细胞克隆的富集与扩增。3个策略可供选择：

3. 通过转基因修饰手段，将克隆到的PNA-T细胞的TCR基因导入初始T细胞，使其快速具有识别并杀伤携带相应新表位的肿瘤细胞的能力。

5）基于PNA-T细胞变化规律的疗效实时监控技术

疗效评估是过继细胞免疫治疗的一大技术难点。与其他治疗方式不同，经行过继细胞治疗后，肿瘤负载可能不会立即缩小，甚至可能暂时增大，不利于临床医生对病情的准确掌控。因而，应用PNA-T细胞对肿瘤患者实施过继细胞治疗，在治疗过程需要跟踪血液中PNA-T细胞及其来源记忆性T细胞的数量变化，对比观察其与肿瘤缩小或肿瘤复发、进展的关联性，同时实时监控血液中CTC、ctDNA的含量变化以及肿瘤新突变位点出现情况。通过数据的积累，建立关联PNA-T细胞体内动态变化规律与患者疗效的数学模型，从而实现医生能对病情实时作准确判定甚至预判的目标，以做出相应治疗对策的调整，使患者能更好的获益。

6）增强精准细胞免疫治疗体内疗效的辅助技术

在国际上另一种热门的细胞免疫治疗技术是嵌合抗原受体（Chimeric Antigen Receptor, CAR）修饰的T细胞治疗技术（CAR-T）。精准细胞免疫治疗与它既具有共性特征，也有其特殊属性（两者具体比较见表2）。

嵌合抗原受体是识别肿瘤细胞膜上肿瘤相关抗原（tumor associated antigen, TAA）的单链抗体和胞内信号域“免疫受体酪氨酸活化基序（immunoreceptor tyrosine-based activation motifs, ITAM。通常为CD3ζ或FcεRIγ)” 通过铰链区相连构成的嵌合基因。将CAR基因通过基因转导/转染的技术导入患者T细胞后，使其表达CAR基因，获得的CAR-T细胞具有识别并攻击表达相应细胞表面TAA的肿瘤细胞的能力。因而，CAR-T技术本质是通过基因转染手段快速获得肿瘤杀伤性T细胞的方法。由于CAR-T细胞所识别的是肿瘤细胞表面的蛋白，而非与MHC分子结合形成MHC-抗原复合物从而被提呈到细胞表面的抗原，因而可绕过T细胞的MHC分子限制性。而且，CAR-T技术通常将T细胞的第一信号与第二信号偶联到同一分子结构中，使CAR-T细胞具有更强的自主性，基本无需其它类型免疫细胞的辅助即可发挥治疗作用。鉴于CAR-T技术的精妙设计，其具有广阔的应用前景。

精准细胞免疫治疗与CAR-T技术的所采用的效应细胞均是患者自体的T淋巴细胞，不同之处在于所针对的靶点类型差异：精准细胞免疫治疗瞄准的是患者特有的新抗原（即肿瘤特异性抗原），这些新抗原与MHC分子结合形成MHC-抗原复合物被提呈到细胞表面，在被提呈前，这些抗原可以分布在细胞各个位置，包括细胞核、细胞质、细胞膜上，可选择范围更广。所以，不管是效应细胞本身还是所针对的抗原，精准细胞免疫治疗均是个性化的；CAR-T技术所针对的靶点是表达在肿瘤细胞膜上的肿瘤相关抗原，可供选择的范围较窄，特异性相对较差，但这一抗原可以是一类患者群体中普遍存在的抗原靶点，如表达于B细胞淋巴瘤细胞表面的CD19蛋白。因而，CAR-T技术所选用的效应细胞来源是个性化的，但治疗靶点是非个性化的，无需通过高通量的检测手段配合。

随着我们对恶性肿瘤认识的不断深刻，已经越来越意识到实施肿瘤精准医疗的必要性与迫切性。而相对于其它基因检测指导下的个性化治疗方式，精准细胞作为一种“活的药物”，为快速制定针对特定新抗原表位的治疗方式提供足够的广度与可行性。因而，我们有理由相信，精准医疗的“重中之重”是肿瘤精准医疗，而中国的肿瘤精准医疗突破口在于肿瘤精准细胞免疫治疗。随着精准细胞免疫治疗各项配套技术的日趋成熟与完善，它将在恶性肿瘤治疗中发挥越来越重要的作用。

来源：源正细胞