再教你一个装逼神器——蛋白质三维结构查看软件pymol

2023-05-10 14:56:27

在文献中经常看到一些蛋白质的3D结构,是不是感觉好高大上?今天我们来介绍下蛋白质3D软件Pymol。今天介绍的内容装逼程度5颗星,实用程度0颗星!


首先我们来看下3D渲染图:

上图中是p53与DNA的三维结构图。通过软件我们可以查看到p53与DNA作用的结构区域。


1.  我们首先下载蛋白质三维结构查看软件pyMol(http://www.keyangou.com/software/),下载后直接安装,注意路径名不能有中文。


2.  接下来我们去哪里找三维结构呢?可以上ncbi的数据库structrue,我们搜索p53,打开如下页面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=103701

格式选择PDB格式,然后点击View structure,保存在本地硬盘上,注意保存路径也不要有中文。


3.  我们打开刚才安装好的pymol,界面如下:


主要分为两个部分,上面的是命令行区域,下面黑色的是显示区域。


4.  我们通过“File->open”打开刚才下载的PDB文件:


5. 上面的图一点都不好看。我们在命令行里面输入“show cartoon”,意思是显示动画,就是我们经常看到的三维结构了:



6. 上面的图像看上去太杂了,我们简化处理,我们把线条隐藏,输入命令“hide lines”



7 输入不同的命令行会有不同的显示方式。(每次输入命令行之前最好输入”hide all” 清除先前的效果)。


Show spheres


show mesh


show surface



8.  我们可以标记我们自己感兴趣的氨基酸,比如我们想标记里面所有的亮氨酸为红色


Color red,resn leu


9 当然我们还可以用来做动画:

依次输入命令:

mset 1 x30

util.mrock(1,30,60,1,1)

set ray_trace_frames=1

set cache_frames=1

mplay

mpng mov


10. 上面都是截图,效果不是太好,我们想得到一张清晰的图片,可以使用命令:

ray

png E://abc.png

上面就是将当前视图渲染到 E盘的abc.png中


    蛋白质的三维结构决定了蛋白质的功能,施一公老师在15年发表的几篇重量级的文章都是关于蛋白质三维结构解析的。如果我们研究的蛋白质已经有三维结构了,对于我们的研究会有很大的帮助,比如说相互作用和结合位点。

    但是所研究的蛋白还没有三维结构呢?这就需要用到生物信息学的三维结构预测,接下来我们会介绍如何预测蛋白质的三维结构!


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