在文献中经常看到一些蛋白质的3D结构,是不是感觉好高大上?今天我们来介绍下蛋白质3D软件Pymol。今天介绍的内容装逼程度5颗星,实用程度0颗星!
首先我们来看下3D渲染图:
上图中是p53与DNA的三维结构图。通过软件我们可以查看到p53与DNA作用的结构区域。
1. 我们首先下载蛋白质三维结构查看软件pyMol(http://www.keyangou.com/software/),下载后直接安装,注意路径名不能有中文。
2. 接下来我们去哪里找三维结构呢?可以上ncbi的数据库structrue,我们搜索p53,打开如下页面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=103701
格式选择PDB格式,然后点击View structure,保存在本地硬盘上,注意保存路径也不要有中文。
3. 我们打开刚才安装好的pymol,界面如下:
主要分为两个部分,上面的是命令行区域,下面黑色的是显示区域。
4. 我们通过“File->open”打开刚才下载的PDB文件:
5. 上面的图一点都不好看。我们在命令行里面输入“show cartoon”,意思是显示动画,就是我们经常看到的三维结构了:
6. 上面的图像看上去太杂了,我们简化处理,我们把线条隐藏,输入命令“hide lines”
7 输入不同的命令行会有不同的显示方式。(每次输入命令行之前最好输入”hide all” 清除先前的效果)。
Show spheres
show mesh
show surface
8. 我们可以标记我们自己感兴趣的氨基酸,比如我们想标记里面所有的亮氨酸为红色
Color red,resn leu
9 当然我们还可以用来做动画:
依次输入命令:
mset 1 x30
util.mrock(1,30,60,1,1)
set ray_trace_frames=1
set cache_frames=1
mplay
mpng mov
10. 上面都是截图,效果不是太好,我们想得到一张清晰的图片,可以使用命令:
ray
png E://abc.png
上面就是将当前视图渲染到 E盘的abc.png中
蛋白质的三维结构决定了蛋白质的功能,施一公老师在15年发表的几篇重量级的文章都是关于蛋白质三维结构解析的。如果我们研究的蛋白质已经有三维结构了,对于我们的研究会有很大的帮助,比如说相互作用和结合位点。
但是所研究的蛋白还没有三维结构呢?这就需要用到生物信息学的三维结构预测,接下来我们会介绍如何预测蛋白质的三维结构!
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